رودخانه كرج یكی از پرآب‌ترین رودخانه‌های دامنه جنوبی البرز است كه در حدّفاصل بیلقان تا دیزین واقع شده است. این رودخانه كه ۷۵ كیلومتر طول دارد، از كوه كلون بستك در ارتفاعات خرسنگ سرچشمه می‌گیرد و در تمام طول مسیر خود از شیب تند دره‌ها و صخره‌ها عبور می‌كند و در نهایت به دریاچه نمك واقع در نزدیكی شهر قم می‌ریزد.
رودخانه كرج از ۸ تا ۱۵ متر عرض و ۱ الی ۲ متر عمق دارد. دبی متوسط آب این رودخانه ۱۷ مترمكعب در ثانیه است كه این مقدار در تابستان و پاییز كمتر و در زمستان و اوایل بهار بیشتر می‌شود.
مهم‌ترین سرشاخه‌های این رودخانه خروشان عبارتند از كندر، كندرآب، دره نمرك- كلنا، دره انگلج (وینه)، دره نوجان، رشك بهشت، شاه دزد، خور، سیجان، چاران، سرزیارت، گوراب، ارنگه، هفت چشمه، آدران- دوران، خوزنكلا، اویزر، نشتارود- كلها، واریان، قصردره (رزكان)، مورود، وصال دره، شلنك، سرك، لانیز، شهرستانك، كلارود- گشتادر- كسیل، گرماب، آزادبر- آسیاب درگاه، سرنساء، ولایترود- دیزین، پی كنار، شیركمر- سوتك و وارنگه رود.
از مهم‌ترین چشمه‌های تغذیه‌كننده رودخانه حفاظت شده كرج نیز می‌توان به چشمه‌های سوتك، سفید سوتك، شیركمر، سیكنو، كریم چال- وارنگه رود، نمرك، جیان- كندر، قل قل چشمه سرزیارت، شاهی خور، هفت چشمه، چشمه دره، قصر ناصرالدین شاه- شهرستانك، دره بصال- شهرستانك، بیدار چشمه باغستان و پی كنار اشاره نمود.
رودخانه كرج تأمین‌كننده آب آشامیدنی تهران، آب كشاورزی مناطق همجوار و منبع تأمین برق كشور است. این رودخانه در گذشته تمامی باغ‌های شهر كرج و منطقه ییلاقی سرحدآباد و شهریار و ساوجبلاغ را آبیاری می‌نمود ولی در چند سال اخیر به دلیل رشد بی‌رویه مصرف آب در كلانشهر تهران، بخش عمده آب این رودخانه برای مصرف آشامیدنی به تهران منتقل می‌شود در نتیجه سهم آب باغ‌های استان البرز از این رودخانه بسیار كاهش یافته است.
در سال ۱۳۴۲ خورشیدی سد امیركبیر به عنوان اولین سد چندمنظوره ایران بر روی این رودخانه احداث شد.
رودخانه كرج از سال ۱۳۴۶ خورشیدی در شمار رودخانه‌های تحت حفاظت سازمان محیط زیست قرار گرفته است. این رودخانه یكی از قطب‌های مهم گردشگری استان البرز به ویژه در شاخه اسپرت توریسم به شمار می‌رود و همه ساله در فصل صید (اواخر بهار تا اواخر تابستان) پذیرای شمار زیادی از گردشگرانی می‌باشد كه به ورزش ماهیگیری علاقه دارند.
طبق گزارشات موجود، قزل‌آلای خال قرمز، قزل‌آلای رنگین كمان، ماهی خیاطه، سس ماهی و ماهی سرمخروطی سیاه فلس از جمله ماهیان موجود در رودخانه كرج می‌باشند اما متأسفانه در حال حاضر به دلیل استقرار واحدهای خدماتی، اراضی كشاورزی، مراكز مسكونی روستایی، ورود انواع فاضلاب‌های شهری و كشاورزی، تهدید زیستگاه و همچنین به دلیل گستردگی منطقه استحفاظی و وسعت حوزه عمل و كمبود نیروی انسانی و امكانات، از طریق صید غیرمجاز كاهش چشمگیری در جمعیت برخی از انواع این گونه‌ها مشاهده شده است.
