در قبه دوازده امام آثا ارزشمندی وجود دارد كه به قبه 12 امام ، مدرسه ضیائی و زندان اسكندر هم می گویند. قبه دوازده امام از بناهای دوره سلجوقی محسوب می شود كه در محله فهادان شهر یزد قرار دارد. این قبه در سال ۴۲۹ هجری نزدیك به حسینیه بزرگ محله فهادان ساخته شده است و به دلیل سبك بنا، نقاشی ها و كتیبه كوفیِ رنگی آن ، مورد توجه هنرمندها و معمارها قرار گرفته و همه آن را قدیمی ترین بنای موجود توی شهر یزد نام می برند
قبه دوازده امام شامل یك تك گنبد می شود كه به صورت یك چهار ضلعی می باشد و در قسمت بالایی آن به هشت ضلعی تبدیل می شود. سقف هم از داخل كاشیكاری شده و چهار طرف بنا پنجره هایی قرار دارد كه نور را مهمان فضای داخلی می كند و داخل بنا نقش های گچبری شده از گل و بوته وجود دارد كه دلیل این گچ بری های گل و بوته این هست كه بعد از اسلام در بناها فقط طرح های نباتی وجود دارد و به خاطر موازین اسلام از تصاویر انسانی استفاده نمیشده.
داخل قبه یك محراب وجود دارد كه نشان دهنده مسجدی است كه درقرون دوم وسوم هجری قمری ساخته شده. روی این محرابِ سنگ مرمری، صلوات بر دوازه امام حك شده است و در قسمت انتهاییِ آن اسم یكی از مفاخر و مشاهیر یزد نوشته شده است . در قسمت بالایی، دور تا دور گنبد، آیه شریفه آیه الكرسی، درقسمت غربی بنا آیه 165 سوره ی مبارك بقره و در قسمت شرقی، مهم ترین كتیبه این بنا كه اسم سازنده ها وتاریخ دقیق ساخت رو به ما نشان می دهد، به خط كوفی تزئین و نوشته شده و از نوع مورق محسوب می شود، قرار دارد. ظاهرا این خطوط یك روكشی از طلا داشتند كه به مرور زمان بعد از گذشت نزدیك به هزار سال رنگ اصلی خودشون رو از دست دادن و به قهوه ای كم رنگ یا یشمی تغییر رنگ دادن.
مهترین و شاید قدیمی ترین یادگاری هایی كه در حال حاضر از زیر اندودهای گچی بیرون اومده، مربوط به اواسط دوره ی قاجار می باشد. این یادگاری با رنگ مشكی و به خط ملازین العابدین حیدرعلیرضا روی دیوار قبلی قبه و توی یكی از طاق نماهای اون وجود داره و سال 1259( یعنی دقیقا زمان حكومت محمد شاه) نوشته شده. سال 1429 هجری قمری این قبه هزارمین سالگرد تولد خودش رو پشت سر گذاشت.
