مسجد دارای سه در ورودی بوده كه درب شمالی به آرامگاه حسین‌خان باز می‌شود، در شرقی كه قبلاً به عمارت حسین‌خان باز می‌شده، امروز به باغ حسین خان و در جنوبی به باغ مسجد گشوده می‌شود. هنگام ورود به مسجد از در شرقی وارد باغ مسجد می‌شویم كه حدود 2 هزار مترمربع مساحت دارد.درختان میوه این باغ طراوت خاصی را به محوطه مسجد بخشیده‌اند.
در قسمت شمالی باغ، مسجد حسین‌خان واقع شده كه ایوان آن به‌سمت در جنوبی نظاره می‌كند این ایوان با نقاشی‌های مربوط به روز عاشورا و نقش و نگارهای اسلیمی زیبا تزیین شده است.
برای ورود به مسجد از قسمت جنوبی آن 6 در وجود دارد كه سه در از سمت راست مسجد و سه درب از سمت چپ تعبیه شده است. بنای مسجد خشتی با تیرهای چوبی است.ترتیب درهای مسجد از سمت راست به این شكل است كه در اول به زنانه نشین مسجد در طبقه دوم، در دوم به چایخانه مسجد و در آخری به صحن اصلی مسجد باز می‌شود.سه درب سمت چپ نیز از چپ به راست به قسمت زنانه مسجد در طبقه دوم، آشپزخانه مسجد و به صحن اصلی مسجد باز می‌شود.
داخل مسجد 12 ستون چوبی در وسط سقف مسجد را بردوش می‌كشند و در سمت جنوبی مسجد كه سمت قبله است محراب كوچكی با گچ بری‌های ساده‌ای قرار گرفته است، در كنار محراب منبر چوبی متعلق به دوران قاجار قرار گرفته در روبه‌روی محراب مسجد تاریخ تاسیس بنا به سال 1284 قمری توسط حسین‌خان میرپنج برروی تیرهای چوبی سقف نوشته شده است، در داخل مسجد خطاطی‌هایی به كمك دوده مشاهده می‌شود كه غالباً نام اهل‌بیت(ع) نوشته شده است.
در زاویه مسجد، نقاشی‌هایی از گل‌های زیبا و تصاویری از نماد‌های ایرانی – اسلامی مشاهده می‌شود.
در زنانه نشین سمت راست مسجد تصویر حسین‌خان و در زنانه نشین سمت مقابل تصویر آقا محمدخان قاجار كشیده شده است این مسجد در ایام ماه محرم شاهد برگزاری مراسمات عزاداری است.
