بنای مشهور به مسجد جامع نو در پشت گنبد خانه و ایوان مجموعه قرار دارد. راه دسترسی به فضاهای معماری آن از صحن كوچك سراچه است و در جلو بنا صحن وسیعی است كه در حال حاضر آجر فرش است در طرفین ورودی مسجد جامع قاب های آجری زیبائی ایجاد شده و به جز همین قابهای تزئینی در نمای بیرونی آن عناصر تزئینی دیگری دیده نمی شود . پوشش ایوان ورودی نیز آراسته به رسمی بندی است.
فضای داخلی مقصوره مشتمل بر شاه نشین هایی است كه در بخش فوقانی آن ابتدا پوشش قوسی شكل و سپس گنبد مقصوره ساخته شده است . علاوه بر رسمی بندی زیبائی كه پوشش میانی بنا را مزین نموده ، در پوشش سقف شاه نشین ها نیز همان نوع آراستگی تكرار شده است . در بخش فوقاتی هر شاه نشین نورگیری تعبیه شده و بخشی از نور فضای داخلی مقصوره نیز از همین مكام تامین می شود . وجودمقصوره با شكل چلیپا در میان بنا و شبستان های ستوندار طرفین، تعادل معماری منظری را برای مسجد جامع نو به وجود آورده است . رواق شرقی با مسجد عتیق پیوند خورده و به همین دلیل الزاماَ بخشی از آن تخریب شده است . مقارن با آن بناهای مغولی واقع در ضلع شمالی احتمالاَ برچیده شده و دری كه جایگزین محراب گنبد خانه بوده ورودی به مسجد جامع نو را فراهم ساخته است.
دیوارهای تكیه صحن ، طاق رواق ها و شبستان های طرفین گنبد مقصوره و تزئینات زیر گنبد نسبتاَ جدید هستند . تنها بخش اصلی مسجد به نظر می رسد گنبد مقصوره باشد . در قسمتی از فضای داخلی تویزه های بزرگی كه در گوشه ها یكدیگر را قطع می كنند به صورت فرو رفتگی ایجاد گردیده و در دیوار غربی این بخش از معماری مسجد جامع نو محراب كوچكی وجوددارد كه احتمال دارد زمانی تزئیناتی نیز داشته است.
گنبد بنا بر روی چهار قوس بزرگ متقاطع قرار دارد و این قوسها از نظر ساختار خود بر فراز بلندی طاقنما های واقع در اضلاع اتاق جای گرفته اند . استخوان بندی گنبد و ساختار آن از بیرون به طوركامل نمایان است . بین چهار قوس بزرگ چهار ربع گنبد ساخته شده كه با قوسهای كوچكتر كه از رأس چهار قوس بزرگ برخاسته اند بر گنبد تكیه دارند . وضعیت گنبد واقعی به صورت كم خیز است . همه این ساختار معماری تنها در قشر گچی كه از طاق آویزان است ظاهر می شود . هم چنین جلو آمدگی مركب سلسله قوس طاق كوكبی گنبد را از قوسهای بزرگ جدا می كند . یك چهارم از گنبدهای واقع در زوایا با نیم گنبد بسته می شود و دارای تركیبی از منشورهای گچی است.
علاوه بر آنها طاقنماهای جانبی به گونه ای است كه از بیرون نمایان می باشند اما در داخل به كمك طاق های كوكبی شكل مركب سراسری از جنس گچ ، پنهان شده اند . گلویی پیش آمده محراب را یك سلسله قوس تشكیل می دهد كه هیچ نشانه ای از كاشی معرق و یا تزئینات الحاقی ،در آن مشاهده نمی شود . وضعیت شبستان های مسجد جامع به صورت جنوب شرقی – شمال غربی است كه در دو سوی وقصوره چلیپایی شكل یا گنبد خانه ساخته شده است.
این شبستان ها به صورت فضاهایی ستون دار بوده و پوشش سقف آن نیز به شیوه ( چهار ترك ) است كه در بین چهار ستون شكل گرفته است . ستون ها هشت وجهی است و ادامه ترك های پوشش شبستان بر روی آنها قرار گرفته و تا بخش تحتانی ادامه می یابد.
هیأت ستون های آجری شبستان نشان می دهد باید دارای استحكام و مقاومت زیادی باشند .گوشه تویزه ها نیز با آجر پوشیده شده است . فضای شبستان فاقد هر گونه عناصر تزئینی است و تنها یك بنای ساده آجری مستحكم است.
بررسی هائی كه از سوی دفتر فنی خراسان بر روی این بنا صورت گرفت نشان داد ،در گذشته در دو سوی شرقی و غربی مسجد جامع نو شبستان هایی با دو دهانه پوشش وجود داشته كه این دو قسمت حدود هفتاد سال پیش توسط شخصی به نام ( شیخ محمد امین خان ) از اولاد شیخ احمد برچیده شده است.
در گزارش آمده است درخاكبرداری هایی كه اخیراَ انجام شده پی های شبستان برچیده شده مسجد نو در سمت شرق این مكان ظاهر شدند و وجود شبستان در این قسمت به اثبات رسید . اخیراَ به همت كارشناسان فنی قسمت های برچیده شده كه كاربری رواق را در اضلاع غربی و شرقی صحن داشته است در حال بازسازی است تا طرح و نقشه قبلی آن كامل گردد . در واقع این بنا الحاق با شكوهی به مجموعه است.
به استناد متون تاریخی و شواهد موجود بنای ( مسجد جامع نو) به اهتمام ( جلال الدین فیروزه شاه ) در عهد زمامداری میرزا شاهرخ بن امیر تیمورگوركان در سال ۸۴۶ ه ق ساخته شده است . بر روی كاشی خشتی فیروزه ای رنگ به ابعاد ۲۵ در ۲۵ سانتی متر كه در زیر قوس ایوان شرقی مسجد جامع در پشت دیوار غربی گنبد خانه نصب شده كتیبه ای به قلم زیبای ثلث به رنگ سفید بر زمینه فیروزه ای ، این عبارت دیده می شود . ( عمل العبد الضعیف حاجی زینبن محمود الجامع الشیرازی سنه ۸۴۶)
درباره ابنیه خیریه ای كه جلال الدین فیروزه شاه در تمام زندگانی از خود جای گذاشت در متون تاریخی آمده است:( امیر فیروز شاه ارغون شاه به غایت حمیده حضال و پسندیده افعال بود و از اوایل جوانی تا اواخر اوقات زندگانی اخلاص ملازمت خاقان سغید ( میرزا شاهرخ ) می نمود و بی شائبه و بی تكلف سرانجام مهمات سادات و علماء و مشایخ و فقرا و رعایا و مساكنی واجب و لازم می شناخت و در درون وب یرون دار السلطنه هرات و سایر ممالك و ولایات بقاع خیز از مدارس و مساجد و خوانق و اربطه و حیاض بنیاد نهاده به اتمام رسانید.)
