بنای این بقعه با مسجد جمعه چنان مربوط و متصل است كه به نظر می‌رسد مقارن یكدیگر یعنی در سال ۷۰۷ هجری ساخته شده‌اند. محور اصلی بقعه و محراب آن كه با محور مسجد نزدیك به ۱۰ درجه انحراف دارد و نیز موقعیت راهرو، مقبره و دهلیز مسجد دلیل دیگری است برآن كه هر دو بنا در یك زمان ساخته شده‌اند. گنبد این بقعه هرمی شكل و هشت ضلعی است. براساس لوحه‌ای در بقعه شیخ عبدالصمد، ساخت این بقعه به اسماعیل بنای اصفهانی نسبت داده شده‌است. در راهرو مشترك مسجد و مقبره شیخ عبدالصمد سردر مخصوصی برای خانقاه ساخته شده كه كتیبه آجری آن به خط ثلث برجسته به خوبی قابل خواندن است. برضریح چوبی روی آرامگاه شیخ عبدالصمد نیز كتیبه‌ای به خط ثلث به چشم می‌خورد با این مضمون «عمل استاد حسین بن استاد اسماعیل سرشگی النطنزی فی تاریخ نه اربع و سنین و الف سنه ۱۰۶۴ كتیبه عبداللطیف.» و بر لوح سنگی روی قبر شیخ چنین حكاكی شده‌است: «هذا الغفور الرحیم الرحمن اللهم صل علی النبی و الولی و الحسن و الحسین و العباد و الباقر و الصادق و الجعفر و الكاظم الموسی و الرضا و التقی و النقی و العسگری و الحجته القائم محمدالمهدی الغازی صاحب الزمان(عج)» “همت مصروف داشت عصمت پناه صالحه خدیجه سلطان بنت شمس طلا در سنه ۱۰۴۵ و این اثر خیر از او باقی ماند. گفتنی است؛ قسمتی از بالای محراب آرامگاه شیخ عبدالصمد هم اكنون در موزه ویكتوریا و آلبرت لندن نگهداری می‌شود. قسمت‌هایی از این محراب در اواخر قرن گذشته به سرقت رفته بود.