كنیسه ملایعقوب در كنار مقبره كمال الدین اسماعیل شاعر اصفهانی و در خیابان كمال محله جویباره و با قدمتی یك صد ساله واقع شده است.قبر منسوب به كمال الدین اسماعیل شاعر شهیر قصیده سرای اصفهانی متوفی به ۶۳۵هجری قمری در مجاورت این كنیسه قرار دارد در زیرزمین موجود در آن مقبره تعدادی از بزرگان جامعه یهودی اصفهان از جمله ملایعقوب بانی آن به خاك سپرده شده‌اند؛ پس از عبور از درب ورودی وارد یك دالان می‌شویم در انتهای آن با یك تغییر جهت ۹۰ درجه به یك هشتی كوچك می‌رسیم توسط یكی از اضلاع هشتی وارد عبادتگاه و از دیگری وارد یك حیاط كوچك. ورود به عبادتگاه از گوشه جنوبی ضلع شرقی صورت می‌گیرد؛ در بخش دیگر این هشتی راه پله‌ای مربوط به بخش بانوان قرار دارد كه به صورت نیم طبقه در جبهه جنوبی به بنا ملحق شده است. پنجره موجود در بالای جایگاه تورات از عناصر شاخص و چشمگیر این بنا ست كه برآورنده فرمان دینی مبنی بر داشتن پنجره رو به اورشلیم است. ساختار فضایی این كنیسه‌ها مانند بیشتر كنیسه‌های جوباره از یك گنبد خانه مركزی تشكیل شده است.
كاربندی سقف گنبد خانه ۱۶ شاقولی است كه بر ۴ ستون سنگی استوار گشته، مقطع ستون‌ها مدور ولی سر ستون‌ها به تدریج از مقطع مدور به مربع تبدیل شده و شكل گلدانی پیدا كرده است.
داستان ملا یعقوب معروف به ملا ماری
ملا یعقوب ماری با علمای زمان خودش بحث برتر بودن دین را داشتند؛ و به این خاطر دست به یك شرط بندی می‌زنند. و آن هم این بوده كه هر كسی توانست با دعا مسیر جریان آب را تغییر دهد، دین آن برتر است. ملا یعقوب با دعا و نیایش از خداوند می‌خواهد كه به صورت معجزه وار مسیر آب را تغییر دهد و این اتفاق نیز می‌افتد. وقتی این معجزه روی می‌دهد، دیگران كینه ملا یعقوب را به دل می‌گیرند و هنگامی كه ملا یعقوب فوت می‌كند، اجازه دفع جسد ایشان را نمی‌دهند و حتی می‌خواستند كه به جسدش آسیب برسانند.
اما ماری دور جسد آن می‌چرخیده و از جسد ایشان محافظت می‌كرده. به همین دلیل نام آن را ملا یعقوب ماری گذاشتند. هم اكنون مقبره ایشان در داخل شهر اصفهان است و یكی دیگر از زیارت‌گاه‌های یهودیان به شمار می‌رود
