مدرسه شاه كمالیه در محله «شاه كمالیه» شهر یزد قرار دارد. مدرسه شاه كمالیه در گذشته مدرسه بزرگ و آب انباری بود كه گنبد و بقعه كنونی در میان آن قرار داشت. متأسفانه به مرور زمان قسمت‌هایی از مدرسه شاه كمالیه به صورت خانه‌های مسكونی درآمده است. مدرسه شاه كمالیه كه در قسمت غرب «مسجد جامع كبیر» یزد واقع شده، دارای گنبدی با روكش آجری است. قسمت درونی مدرسه هم با آب طلا و لاجورد تزئین شده است.مدارس تاریخی یزد از جمله مكانهای دیدنی استان یزد است كه از جاذبه های خوب گردشگری برخوردار است . استان یزد از دیر باز مهد علم و تمدن بوده و در گوشه گوشه این خطه ، مدارس متعدد ساخته شده كه امروز به عنوان نماد تاریخی محسوب می شود .
معروفترین مدارس تاریخی یزد عبارتند از : مدرسه امام خمینی (ره) تاسیس سال ۱۲۴۰ – مدرسه ایرانشهر تاسیس سال ۱۳۱۵ – مدرسه رستمی مریم آباد سال ۱۳۱۵ – مدرسه شاه كمالیه سال ۷۲۰ – دبستان خسروی در سال ۱۲۸۵ – دبیرستان كیخسروی در سال ۱۳۰۰ –گنبد مدرسه شاه كمالیه از داخل با نقوش مختلف تزیین و رنگ آمیزی شده بود.
بخشی از رنگ‌های لاجوردی و طلایی این گنبد، هنوز باقی مانده است. این مسجد دارای درگاهی با ایوان بلند و دو مناره در طرفین آن بود و تنها چهار صفه زیر گنبد كه مدفن بانی و فرزندان اوست، بر جای مانده است. در داخل محوطه، روبه روی بقعه، پایابی است كه دو نهر آب در آن جاری است و در حال حاضر از آب آن استفاده می‌شود. در مجاورت این بنا حمامی دایر بود كه هنوز باقی است.
بقعه «شاه كمال‌الدین ابوالمعالی» همانند بقعه «سید ركن الدین» در نزدیكی آن، در گذشته كاربری مدرسه داشته اما در گذر زمان، بخش قابل توجهی از آن تخریب شده و اكنون تنها گنبدخانه بقعه‌ی آن باقی مانده است. این بنای تاریخی در سال ۷۲۰ توسط شخصی به نام «خواجه كمال‌الدین ابوالمعالی بن خواجه برهان‌الدین» فرزند «برهان الدین لطف الله» وزیر شاه مبارزالدین، حاكم یزد ساخته شده و در ابتدا شامل دو قسمت گنبد و اتاق بوده كه گنبد بنای مذكور بازمانده از همان مدرسه‌ی قدیمی ایجاد شده در سال ۷۱۲ هجری قمری است.
بخش دیگر این مجموعه تاریخی شامل اتاقی متصل به گنبد است كه بر طبق كتیبه موجود در آن، در سال ۷۲۹ هجری قمری و به فرمان شخصی به نام «شیخ علی بن فتح الله» بنا شده است. بنای تاریخی شاه كمالیه، كتیبه‌ها و نقوش منحصربفرد گچ‌كاری شده و زیبایی دارد و حتی گنبد با زمینه آجری آن نیز از ستاره‌های شش‌پر و تو خالی فیروزه‌ای پوشیده شده، به طوری كه این كاشی‌ها همچون گردنبدی فیروزه‌ای دور تا دور گنبد خودنمایی كرده و نمای چشم‌نوازی را به وجود آورده است.
كتیبه‌هایی مزین به خط كوفی تزئینی نیز در دیوارهای زیرین گنبد تعبیه شده كه هر چند به مرور زمان تغییر رنگ داده و آسیب دیده اما همچنان هویداست. البته اطراف محراب و در بالای آن نیز دو كتیبه به خط كوفی وجود دارد كه آن‌ها هم در گذر زمان آسیب دیده‌اند. البته این گونه بیان می‌شود كه احتمالاً پس از ساخت گنبد و روی دیوار غربی بنای متصل به گنبد، قبوری وجود دارند كه متناسب با نوع كاربری این بخش قرار گرفته‌اند و كتیبه‌ای با خط ثلث در این محل قرار گرفته كه آثاری از رنگ در آن مشاهده می‌شود. در این بنا كه به شماره ۷۷۲ در لیست آثار ملی قرار گرفته، چند كاشی متعلق به زمان مغول و به شكل «ستاره هشت پر» نیز كشف شده كه ارزش زیادی دارند.
