موزه تاریخ طبیعی همدان در انتهای خیابان چهارباغ آزادگان شهر همدان در دانشكده كشاورزی دانشگاه بوعلی سینا راه‌اندازی شده است.
این موزه با مساحتی در حدود ۲۰۰۰ مترمربع، مجموعه‌ای كم‌نظیر از انواع گونه‌های حیوانی، گیاهی و طبیعی اقلیم ایران و سایر نقاط جهان است. این موزه به عنوان یكی از باارزش‌ترین سرمایه‌های ملی كشور، زمینه مناسبی برای مطالعه و تحقیق علاقه‌مندان فراهم نموده است. در این مجموعه هزاران نمونه زنده، سنگواره و تاكسیدرمی شده از گونه‌های گیاهی و جانوری از گروه پستانداران، پرندگان، خزندگان، حشرات و آبزیان در سه سالن مجزا و مرتبط به هم نگهداری می‌شوند.
* در سالن شماره یك نگاره‌های سنگی كشف شده از مناطق مختلف ایران توسط گروه تحقیق موزه و سفالینه‌ها و دست‌سازهای مفرغی و سكه به نمایش درآمده است. همچنین حدود ۳۰۰ مورد صحنه‌سازی از طبیعت وحش ایران در معرض دید عموم قرار داده شده است. در این سالن انواع دوكفه‌ای‌ها، گاستروپودها، حلزون‌ها، سخت‌پوستان، مرجان‌ها و اسفنج‌های خلیج فارس نگهداری می‌شود. علاوه بر این از مجموعه‌های خارجی نیز بخشی به نمونه‌های ایرانی ملحق شده كه این امر سبب ایجاد بهترین كلكسیون صدف‌های ایران در این موزه شده است.
* سالن شماره دو به آبزیان اختصاص دارد و شامل دو بخش جدا از هم میباشد. در بخش اول آكواریوم انواع ماهیان زینتی آب شیرین مناطق گرمسیری است كه تعدادی از آن‌ها به صورت محدود برای تحقیقات در موزه نگهداری می‌شوند. بخش دوم شامل آبزیان فیكسه شده است. در این قسمت نمونه‌های كمیاب و نفیسی از انواع آبزیان، خزندگان و پستانداران به صورت فیكسه شده در داخل محلول و یا به صورت تاكسیدرمی شده قرار دارد.
* در سالن شماره سه مجموعه‌ای از نمونه‌های كانی، فسیلی و سنگ‌های رسوبی به جا مانده از ادوار مختلف زمین‌شناسی ایران، جمع‌آوری شده است و غنی‌ترین مجموعه نسبت به نمونه‌های مشابه داخل كشور میباشد.
این موزه در سال ۱۳۵۱ خورشیدی به همت استاد جعفر محمد علیزاده راه‌اندازی و بر اساس الگوها و استانداردهای بین‌المللی طراحی و تكمیل شده است به طوری كه نه تنها در سطح كشور بلكه در سطح خاورمیانه و حتی جهان، مطرح میباشد. موزه تاریخ طبیعی همدان در طول فعالیت خود برخی از نمونه‌ها را برای اولین بار در كشور كشف نموده است كه نمونه آن كشف ۵ گونه جدید از ماهی‌های خلیج فارس و چند نمونه فسیل میباشد.
