موزه كلیسای وانك دارای دو تالار نمایش با چندین ویترین ثابت و سیار است. حدود ۸۵۰ شیء‌ای كه در موزه كلیسای وانك به نمایش گذاشته شده‌اند متعلق به سده‌های شانزدهم تا بیستم میلادی‌اند. از آنجایی كه اكثر اشیای موزه كلیسای وانك اهدایی هستند در كنار توضیحات مربوط به هر شیء مشخصات و اطلاعاتی نیز در مورد اهداكننده یا اهداكنندگان دیده می‌شود كه در موزه های معمولی كمتر به چنین موردی برمی‌خوریم.قدمت موزه ی كلیسای وانك، البته نه بصورت و وسعت كنونی، به صد سال پیش یعنی سال های ۱۹۰۵-۱۹۰۶ م. باز می گردد. در این تاریخ به كوشش و یاری طادئوس هُونانیان فرزند هاروتیون هُونانیان، نویسنده ی كتاب «تاریخ جلفای اصفهان»، اتاق هایی در ضلع شمالی حیاط كلیسای وانك برای نگهداری كتب، نسخ خطی، اشیای تاریخی ساخته شدند. این محل تا سال ۱۹۳۰ به طور هم زمان به عنوان موزه و كتابخانه مورد استفاده قرار گرفته می شد.در سالهای ۱۹۳۰-۱۹۳۳ م. سارگیس خاچاطوریان (نقاش و هنرمند معروف ارمنی) به درخواست دولت وقت از اروپا به ایران دعوت شد. این سفر خاچاطوریان به منظور مرمت و كپی برداری از نقاشی های بناهای دوران صفوی بود. وی در مدت سكونت خود در ایران نقش بسیار مهمی در معرفی فرهنگ ارامنه جلفا ایفا می كند، از جمله این فعالیتها برگزاری كلاس های نقاشی، پیشنهاد و همكاری در تاسیس موزه ی كلیسای وانك را می توان برشمرد.با در نظر گرفتن این كه تمام امور مذهبی، اجتماعی، فرهنگی و به طور كلی تمامی نهادهای مخصوص ارامنه زیر نظر و به سرپرستی خلیفه گری اداره می شود، شورای خلیفه گری با پیشنهاد خاچاطوریان موافقت كرده و تصمیم به تاسیس موزه ای می گیرد. بنابراین اتاق هایی كه قبلاً محل نگهداری كتب، نسخ خطی و آثار تاریخی بود تعمیر شد، و سپس برای ارائه ی اشیا، ویترین و مانكن هایی ساخته شدند.پس از گذشت ۴۰ سال، با توجه به رشد و توسعه روزافزون صنعت توریسم در كشور، خصوصاً در شهر اصفهان و اهمیت و لزوم حفظ میراث هنری و فرهنگ بومی ارامنه ی جلفا، شورای خلیفه گری اصفهان در صدد برآمد موزه ای مطابق با اصول و مبانی روز تاسیس كند. در پی جلساتی كه بین شوراهای خلیفه گری اصفهان و تهران در سال ۱۹۶۸ م. انجام گرفت، تصمیم بر آن شد با در نظر گرفتن موقعیت جلفا، موزه ی جدید در شمال محراب كلیسای وانك بنا گردد. در این جلسه بودجه ای معادل ۶۰۰ هزار تومان برای این بنا اختصاص یافت و طراحی و تهیه نقشه به آقای مهندس آفتاندالیان محول گردید. این نقشه در تاریخ ۱۹۶۹ پس از تایید شورای خلیفه گری و اداره ی كل فرهنگ و هنر، برای اجرای آن به آقای مهندس كشیشیان داده شد.طبق نقشه ی مهندس آفتاندالیان، موزه ی كلیسای وانك دارای دو طبقه می باشد كه مساحت طبقه ی اول آن ۶۰۰ ، طبقه ی دوم ۵۲۵ و زیرزمین آن ۲۵۰ متر مربع است.ساختمان موزه در ماه می ۱۹۷۱ م. به اتمام رسید. به پیشنهاد پیشوای روحانی ارامنه خلیفه گارِگین ساركیسیان، از پروفسور آرباك مخیتاریان باستان شناس و شرق شناس ارمنی، و مسئول بخش اسلامی موزه ی سلطنتی بروكسل، برای طبقه بندی و موزه آرایی اشیا دعوت عمل آمد. وی از تاریخ ۲۵ مارس ۱۹۷۱ به مدت یك ماه درجلفا مشغول به كار شد.در تاریخ ۲۳ سبتامبر همان سال موزه ی قدیمی تعطیل و جابجایی اشیا شروع شد. همزمان با آن، اطلاعیه ای از طرف خلیفه گارگین سارگیسیان خطاب به كلیسا ها و اهالی جلفا منتشر شد مبنی بر اینكه در صورت تمایل اشیای قدیمی و با ارزشی كه در منازل و كلیسا ها نگهداری می شوند را به كلیسای وانك اهدا كنند.سرانجام در تاریخ ۲۴ اكتبر ۱۹۷۱ ساعت ۷ بعد از ظهر موزه با حضور استاندار، پیشوایان مذهبی، نماینده های شوراهای خلیفه گری اصفهان و تهران، نماینده مجلس اصفهان و جنوب ایران، روزنامه نگاران و نماینده هایی از شهرهای ارمنی نشین افتتاح گردید.در سال ۱۹۷۷ دو تندیس در قسمت ورودی موزه تعبیه شد كه یكی از آنها تمثال «مسروپ ماشتوتس» مخترع حروف الفبای ارمنی و دیگری «خاچاطور گِساراتسی» موسس چاپخانه كلیسای وانك در قرن ۱۷ م. بود. این تندیسها ساخته شده در ایتالیا توسط دو فرد نیكوكار به موزه اهدا شده اند.در سالهای پس از تاسیس موزه تا كنون نیزآثار فرهنگی زیادی به اشیای موزه اضافه شده اند كه یا از طرف شورای خلیفه گری خریداری و یا توسط اشخاص به موزه اهدا گردیده اند. در نتیجه، بعدها غرفه های جدیدی از قبیل غرفه «یپرم خان»، «نژادكشی ارامنه در ۲۴ آوریل ۱۹۱۵»، «چاپخانه ی جلفای اصفهان» و «سكه ها» به موزه اضافه شدند.طبقه ¬بندی اشیای موزه چنین است كه هر غرفه به صورت مجموعه¬ ای مجزا در آمده كه در عین حال با غرفه¬ های دیگر هماهنگی دارد. از آنجا كه اشیای موزه تا حدودی با مذهب، مراسم مذهبی و آداب و رسوم ارمنیان مرتبط است تماشاگر با مشاهده¬ ی مجموعه¬ های آن تحت تأثیر فضای روحانی كلیسا قرار می¬ گیرد.از بعد از تأسیس موزه تاكنون آثار فرهنگی بسیاری به اشیای موزه اضافه شده است كه یا شورای خلیفه¬ گری آنها را خریداری كرده یا اشخاص آنها را به موزه اهداء كرده¬ اند. در نتیجه به مرور غرفه¬ های جدیدی به موزه اضافه شده است.موزه ی كلیسای وانك، با قدمت بیش از ۱۰۰ سال، یكی از پیشگامان موزه و موزه داری در ایران می باشد. این موزه به دلیل داشتن اشیاء و فضای منحصر به فرد خود همواره مورد توجه گردشگران و سیاحان داخلی و خارجی بوده و می باشد. طی دهه های گذشته موزه ی كلیسای وانك یكی از معتبرترین و مشهورترین نهادهای فرهنگی شهر اصفهان بوده كه همه ساله مورد بازدید علاقمدان بی شماری واقع می شود.برای اولین بار در سال ۱۹۲۱ در تاریخ موزه داری كلیسای وانك، دفتر یادبود توسط سفیر جمهوری ارمنستان آقای هُوسپ ایشخان آرقوتیان به امضا رسید. از آن پس دفاتر یادبود متعددی توسط بازدید كنندگان، افراد سرشناس و معروف به امضا رسیدند، و این رسم همچنان ادامه دارد. از جمله این بازدیدكنندگان می توان به افراد زیر اشاره كرد:شاهزاده سودان در تاریخ ۱۹۳۳ م.، شاهزاده ژاپنی میساكا (۱۹۳۳م.)، نخست وزیر آلمان (۱۹۵۷م.)، ملكه دانمارك و دخترش (۱۹۶۳م.)، رئیس جمهور هندوستان (۱۹۶۳م.)، ولیعهد دانمارك (۱۹۶۳م.)، پادشاه بلژیك و ملكه (۱۹۶۴ م.)، شاهزاده اسپانیا (۱۹۶۶ م.)، دبیر كل سابق سازمان ملل متحد كوفی عنان (۱۹۹۹ م.) و … می باشند.در تاریخ ۱/۸/۱۳۹۱ (۲۲ اكتبر ۲۰۱۲ م.)، بنا بر تصمیم شورای خلیفه گری و تایید خلیفه اسقف بابكن چاریان، به پاس تقدیر از خدمات شایسته ای كه خلیفه خاچاطور گِساراتسی، بنیان گذار صنعت چاپ در ایران و خاورمیانه در سال ۱۶۳۸ م.، و تاثیر شگرفی كه ایشان در جهت رشد و بقای فرهنگ ارامنه و ایران زمین داشته اند، در مراسم مخصوصی كه به مناسبت روز نامگذاری كلیسای «هُوسپ آرِماتاتسی» وانك كه با حضور جمع كثیری از مسئولین خلیفه گری و ارامنه ی اصفهان برگزار گردید، موزه ی كلیسای وانك را به نام ایشان «موزه ی خاچاطور گِساراتسی» نامگذاری كردند.