در گذشته مسجد جامع شبستر داخل میدانی قرار داشته كه علاوه بر خود مسجد شامل باغ و حمام مسجد جامع، ورودی راسته بازار قدیم و سبزه میدان نیز می شده است. بنای اصلی مسجد نیز از بخش هایی نظیر میدانچه، مناره، سردرب ورودی، گنبدخانه، شبستان محل نماز و باغی كه تخریب شده است، می شود. در محل سابق باغ مجموعه، اكنون حیاطی با امكاناتی نظیر آشپزخانه، سرویس های بهداشتی و سیستم برق راه اندازی شده است.مسجد جامع شبستر در اصل مربوط به دوره ایلخانی است؛ اما بازسازی های متعدد، صورت قدیمی آن را دگرگون ساخته است. بنای مسجد به صورت شبستانی ستون دار است كه پوشش آن، از ۴۲ گنبد ضربی تشكیل شده كه برروی سی پایه عریض آجری قرار گرفته اند. مسجد، دارای ایوان و مناره می باشد. ستون های ایوان و مأذنه مناره، چوبی و مربوط به دوران متاخر هستند.
مناره مسجد جامع شبستر یكی از قدیمی ترین بخش های بجا مانده این مسجد است. در دوره تیموری و اوایل قرن هشتم هجری این مناره به مسجد اضافه شده كه اخیرا مرمت شده است.گنبدخانه مهمترین بخش این مسجد است. روی این گنبدخانه دست نوشته هایی از دوره صفوی باقی مانده كه شامل اشعاری است كه نشان می دهد مسجد جامع شبستر در دوره صفویه پایگاه مهم مذهبی اهل تشیع در مبارزه با عثمانی ها بوده است.
از دوره ایلخانی فقط سكوی سنگی و بقایای بخش پایین دست مسجد باقی مانده است. مناره در دوه حكومت تیموریان الحاق شده و در دوره صفوی، بنا به صورت كلی مرمت و بازسازی شده كه ورودی مجموعه از قسمت شمالی به شرقی منتقل شده است.
در دوره های پس از صفوی مانند قاجار و بعد از آن یك ردیف طاق و چشمه و نیز ایوانی در سمت شرقی مسجد اضافه شده كه بعدها همین ایوان نیز تا حدودی تخریب شده است.از مهمترین نكات این مسجد تاریخی، باقی ماندن گنبد خانه این مسجد پس از زلزله است كه با توجه به تخریب اغلب گنبدها، یكی از قابل توجه ترین آثار به جا مانده پس از دورره صفوی به شمار می رود.پوشش سقف گنبدی به صورت طاق چشمه به تعداد ۲۹ عدد، طاق های تیزه دار داخلی و نمای خارجی، تزئینات گچی محراب و كاربندی های داخلی از ویژگیهای خاص این مسجد است.
بنای مشهور به مسجد جامع نو در پشت گنبد خانه و ایوان مجموعه قرار دارد. راه دسترسی به فضاهای معماری آن از صحن كوچك سراچه است و در جلو بنا صحن وسیعی است كه در حال حاضر آجر فرش می باشد. در طرفین ورودی مسجد جامع قاب های آجری زیبائی ایجاد شده كه به جز همین قابهای تزئینی در نمای بیرونی آن عناصر تزئینی دیگری دیده نمی شود. پوشش ایوان ورودی نیز آراسته به رسمی بندی است. فضای داخلی مقصوره مشتمل بر شاه نشین هایی است كه در بخش فوقانی آن ابتدا پوشش قوسی شكل و سپس گنبد مقصوره ساخته شده است. علاوه بر رسمی بندی زیبائی كه پوشش میانی بنا را مزین نموده، در پوشش سقف شاه نشین ها نیز همان نوع آراستگی تكرار شده است. در بخش فوقانی هر شاه نشین نورگیری تعبیه شده و بخشی از نور فضای داخلی مقصوره نیز از همین طریق تامین می شود. وجود مقصوره با شكل چلیپا در میان بنا و شبستان های ستوندار طرفین، تعادل معماری مسجد جامع نو را فراهم كرده است. رواق شرقی با مسجد عتیق پیوند خورده و به همین دلیل الزاماَ بخشی از آن تخریب شده است. مقارن با آن بناهای مغولی واقع در ضلع شمالی احتمالاَ برچیده شده و دری كه جایگزین محراب گنبد خانه بوده ورودی به مسجد جامع نو را فراهم ساخته است. دیوارهای تكیه صحن، طاق رواق ها و شبستان های طرفین گنبد مقصوره و تزئینات زیر گنبد نسبتاَ جدید هستند. تنها بخش اصلی مسجد به نظر می رسد گنبد مقصوره باشد. در قسمتی از فضای داخلی تویزه های بزرگی كه در گوشه ها یكدیگر را قطع می كنند به صورت فرو رفتگی ایجاد گردیده و در دیوار غربی این بخش از معماری مسجد جامع نو محراب كوچكی وجود دارد كه احتمال دارد زمانی دارای تزئینات بوده است.
در بالای در ورودی مسجد، طاق سنگی جالبی نصب شده كه بر بالای آن، دو كتیبه سنگی به چشم می خورد. دركتیبه بالا چنین نوشته شده است: “موفق به تعمیر هذالمسجد جامع الكبیر در ایام جلاله السلطان الاعظم الخاقان الاكرم مولی ملوك العرب والعجم سید السلاطین العالم السلطان بن السلطان والخاقان بن الخاقان السلطان شاه تهماسب بهادرخان خلدالله تعالی ملكه و سلطانه عمده الحاج و الاعیان زبده التجار فی الزمان بانی مبانی الخیرات صاحب الجود و البركات حاجی بیرام بن آقا بابا الشبستری فی ۹۹۸”. به نظر می رسد كه نویسنده یا حجار كتیبه در نگارش تاریخ دچار اشتباه شده باشد؛ چرا كه سال ۹۹۸ ه.ق مصادف با پادشاهی شاه عباس اول است، نه شاه تهماسب صفوی.
