این بنا در محله قدیمی لنبان واقع شده و بنای كنونی آن از آثار دوره صفوی است كه بر روی بقایای مسجدی از قرن هشتم هجری بنا شده است. در رساله «محاسن اصفهان» تألیف مافروخی نام محله لنبان بارها آمده و مخصوصاً مسجد و عمارتی توصیف شده كه یكی از اركان نامی اصفهان، آن را در قرن هشتم هجری ساخته بوده است. مسجد مزبور در دوره صفویه بازسازی شده و در دوره‌های بعدی نیز تعمیراتی كلی در آن صورت گرفته است، به طوری كه از آثار قدیمی آن، به غیر از چند قطعه گچ بری مربوط به قبل از صفویه و چند لوح كاشی كاری از دوره صفویه كه در تالار جدید مسجد برجای مانده، چیز دیگری مشهود نیست. خطوط باقی مانده بر دو لوح كاشی به خط ثلث سفید بر زمینه لاجوردی و مورخ ۱۰۸۰هـ . ق است. در بالای در ورودی مسجد به خط نستعلیق سفید بر زمینه كاشی لاجوردی، اشعاری نوشته شده كه حاكی از تعمیر مسجد در دوره شاه سلیمان صفوی است. كتیبه سردر مسجد لنبان، از اضافات قرن سیزدهم هجری، مورخ ۱۲۵۶ است. در زیر تالار بزرگ مسجد، نهر آبی جریان دارد و سردابه‌ای بنا شده است. منبر مسجد، معروف به منبر صاحب الزمان، مورخ ۱۱۱۴هـ . ق، از نفیس‌ترین منبرهای عهد صفوی است. این بنا به شماره ۲۹۳ به ثبت تاریخی رسیده است.
دركتب مختلف چنین ذكر شده است كه اولین مسجدی كه در اصفهان بنا شده مسجد لنبان بوده و حضرت مجتبی (ع) در این مسجد نماز خوانده است. مشهور است كه قبر یكی از پیامبران زیر شبستان این مسجد قرار دارد.
