مدرسه علمیه عقدا در مجاورت بازار واز خشت وگل بنا شده است .اما در داخل ساختمان نما های آجری نیز به چشم می خورد .ورودی مدرسه را هشتی آجری با پنج سكو تشكیل می دهد كه به نیت پنج تن آل عبا طراحی شده است .وپلان بنا مربع شكل است .و در دل زمین حوضی بزرگ ساخته بودند كه چند سال قبل به باغچه تبدیل شد . در هر چهار جهت بنا ، كلاس وحجره های طلاب به صورت قرینه ی یكدیگگر ساخته شده است . اتاق وسیعی در ضلع جنوبی بابادگیر ی متوسط قرار گرفته ومحرابی كوچك در آن قرار دارد .بر روی دیوار بیرونی این سالن مصرع توانا بود هر كه دانا بود هنوز هم در نوع خود زینت افزا بوده است حوزه ی علمیه ی عقدا دارای یك در ورودی بزرگ چوبی است پس از آن هشتی بسیار زیبای كاملاً آجری نگاه هر بیننده ای را مجذوب خود می سازد. بنای تاریخی حوزه ی علمیه ی عقدا،تنها در گوشه ای ار بافت آرام گرفته و آخرین ساكنان آن با بی مهری بنا را ترك گفته اند. این بنا چهار طرفه با نمای آجری ۲۰×۲۰ و یك حیاط مركزی الگو گرفته از سایر بناهای یزدی است. بخش جنوبی دارای یك اتاق بزرگ با سقفی طاسكی شكل است كه به احتمال زیاد با توجه به داشتن محراب،چند منظوره بنا كرده اند نه تنها محل اقامه ی نماز بوده بلكه محل تدریس درس های عمومی طلاب،سالن مطالعه و محل استراحت طلاب نیز بوده است. در اتاق جنوبی،بادگیر در آن تعبیه شده كار بادگیر تهویه ی مسجد است. در گوشه ی جنوب غربی بنا،در انباری كوچك چاهی كنده اند كه آب مصرفی ساكنین تأمین می كرده كه هنوز چرخ و چاه آن پابرجاست. در های چوبی بنا در همین سال ها عوض شده و در های نو به جای آن گذاشته اند. بر روی كف فرش آجری بنا لایه ای از سیمان پوشانده اند و این تغییرات كاملاً محسوس است. به گفته ی اهالی عقدا – البته سال های پیش شنیده بودم – مؤسس حوزه ی علمیه ی قم حضرت آیت الله حاج شیخ عبدالكریم حائری دروس مقدماتی نخست در حوزه ی علمیه ی عقدا خوانده و بعد به حوزه ی اردكان رفته اند و زیر نظر مجدالعلمای اردكانی ادامه ی تحصیل داده اند. هر چند شاهد عینی ای وجود ندارد و شاید سند مكتوبی از ان موجود نباشد اما بی سبب بیان نمی گردد و بی شك مدتی حاج شیخ عبدالكریم در عقدا تحصیل كرده است. به نقل از محمد افخمی پژوهشگر عقدایی«حوزه ی علمیه ی عقدا در اوایل دهه ی ۱۳۰۰ شمسی تعطیل می گردد و تبدیل به مدرسه ی خیام می شود.» بنای فوق سال های سال شاید بیش از نیم قرن مدرسه بوده و دانش آموزان عقدایی در آن تحصیل می كردند و گویا آخرین ساكنان آن سازمان تبلیغات اسلامی بوده كه به هر دلیل آن را رها می سازند. این مدرسه هنوز پابرجا و سالم است و حتی نیاز به تعمیر و احیاء ندارد. شاید كار تعمیر آن جزئی كاری باشد. به نظر بنده باید این مدرسه تبدیل به موزه ی مفاخرعقدا شود،عقدا در طول تاریخ شخصیت های بزرگ و تأثیرگذاری را به ایران معرفی كرده است. البته در همین دوره ی معاصر هم كم شخصیت نداشته و ندارد. برای اجرای آن هزینه ای نیز به دنبال ندارد،پنجاه،شصت زندگی نامه باید نوشته شود و پنجاه،شصت تابلو می خواهد. به نظر همت می خوهد تا هزینه!