نوع بنا : زیارتی
قدمت : صفویان (۹۰۷-۱۱۳۵ ه ق )
( تاریخ میلادی : ۱۷۲۲-۱۵۰۱م )
بنای بقعه یا خانقاه شیخ خلیلاللّه ثانی كه نوادهٔ شاه نعمتاللّه ولی است جزئی از مجموعهٔ وسیعی بود كه به عنوان خانقاه توسط شاه نعمتاللّه ولی ایجاد شده است. در حال حاضر بنای بقعه مربع شكل است و گنبدی آجری بر فراز آن و اتاقی در سمت راست آن مشهور به مقبرهٔ سید محمد از مجموعهٔ قدیم برجای مانده است. در زیر گنبد صورت ۹ قبر دیده می‌شود كه بر همهٔ آنها سنگ مرمرهای خوش تراش و ظریفی نصب شده است. بر این سنگ قبرها كتیبه‌های مختلف و نقش‌های گل و بوته حجاری كرده‌اند. سنگ قبر شاه خلیل به ابعاد ۱۰۰×۲۹ و ارتفاع ۲۳ سانتی‌متر دارای كتیبه‌هایی به خط ثلث و نسخ است. بر دو سنگ این سه بیت كه ماده تاریخ كشته شدن شاه خلیلاللّه است به خط نسخ دیده می‌شود:
شــاه بــرهان دیــن خلیـل‌اللّه كرد از خاكـدان چــو قطــع حیــات
سال تاریــخ مــوت او جستــم از دل خویشتــن بــه وقــت وفــات
گفت چو در هرات گشت شهید سال فوتش بود شهید هرات (۹۲۵)
در این بقعه همچنین كاشی معرقی در بدنهٔ دیوار اتاق دست راست خانقاه مشهور به مقبرهٔ سید محمد نصب شده كه بر آن به خط نسخ خوش رنگ قهوه‌ای، حدیثی از پیامبر و به رنگ سفید، اشعاری مذهبی نوشته شده است.
شاه خلیلاللّه ثانی، فرزند میرشاه تقی‌الدین و نبیرهٔ شاه نعمتاللّه ولی است كه در هرات كشته شده و جسدش به تفت منتقل و در این بقعه به خاك سپرده شده است.
