بقعه سید شمس الدین یزد مربوط به سدهٔ ۸ است و در یزد، محله چهار منار، جنب حوض ملتكیه واقع شده و این اثر در تاریخ ۳۱ تیر ۱۳۱۳ با شمارهٔ ثبت ۲۰۸ به‌عنوان یكی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است. بقعه متبركه حضرت امام زاده سید شمس الدین (علیه السلام) یزد بنای موسوم به بقعه سید شمس الدین (مدرسه شمسیه) یكی از چند بنای تاریخی دوره ی ایلخانی در شهر یزد استبقعه سید شمس الدین در گذشته شامل خانقاه، مدرسه، بازار، گرمابه و آب انبار بوده و در حال حاضر تنها آب انبار و بقعه آن موجود است و بر اساس آنچه در كتیبه این بقعه درج شده، قدمت بنا متعلق به سال ۷۶۷ هجری قمری و قرن هشتم است. اهمیت این بقعه مرهون تزیینات گچ بری و نقاشی های چشم نواز و نیز كتیبه نقش برجسته آن است كه تا به امروز باقی مانده است. از تمام بناهای مذكور ، امروزه تنها قسمتی از ایوان و اصل گنبد در جانب شرقی كوچه و جزیی از سر در و ستون جانب غربی باقی مانده است. از ویژگی های عمده بنای باقی مانده بقعه سید شمس الدین یزد تزیینات مجلل آن است كه با دیگر بناهای هم زمان خود در یزد قابل مقایسه است. سطوح سر در ایوان و طاق گنبد با نغول هایی نقاشی شده و گچ بری برجسته دارد كه شبیه تزیین اتاق گنبد حضرت امام زاده سید ركن الدین (علیه السلام) است. ولی در اینجا طرح های بسیار متعدد و مقیاس بسیار دقیق اجرا شده است. بقعه سید شمس الدین یزد به دستور سید شمس الدین (علیه السلام) فرزند حضرت سید ركن الدین (علیه السلام) جهت تحصیل علوم دینی در سال ۷۳۳ ه .ق در محله چهار منار یزد برپا شد و بعد ها پس از وفات این عارف و عالم نامی ، مقبره وی گردید. در كتاب تاریخ یزد ، تألیف قرن نهم هجری، در خصوص این بنا آمده است: « و در تبریز طرح مدرسه چهار منار و دار السیادة و خانقاه و بازار و حمام بیانداخت و به یزد فرستاد و بنّایان عمارت بنیاد كردند و دو مدرسه در مقابل یكدیگر بساخت و چهار منار در اطراف هر دو مدرسه بنهادند و بازاری دو رویه و آب تفت در میان بازار جاری گردانید و خانقاه و در جنب آن مدرسه، ساباط عالی ساخته و به كاشی تزیین داده و حمّام و دكّان ها و كاروان سرای نیكو ساز داده و در ثلث و ثلاثین و سبع مائة ( ۷۳۳ ه .ق ) اتمام عمارت شد… امیر شمس الدین در تبریز وفات كرد و جنازه او را به یزد آوردند و در مدرسه خودش دفن كردند و دختر خواجه رشید كه حرم او بود ، صندوق تربت او را از عاج و آبنوس ساخته، از تبریز به یزد فرستاده و محرابی كه از سنگ مرمر بر جنوب مرقد او نهاده، از تبریز آوردند. اتمام عمارت او در سال سبع و عشرین و سبع مائة ( ۷۲۷ ه .ق ) بود و تمام موقوفات از حصص و مزارع و بساتین و حوانیت بر كتابه ساحت مدرسه خود ثبت كرد و لغت نامه بر تغییر آن نوشته در همان ساباط ، امیر شمس الدین چون وفات كرد ، دختری از او باز مانده بود و حرم امیر معین الدین اشرف بود، ازو فرزندان آمدند. » نمای سر در ایوان و طاق نماهای صحن نیز دارای تزیین كاشی كاری كامل می باشد كه از لحاظ سبك با مسجد جامع یزد یكسان است. در وسط سقف بقعه ، ترنج بزرگی نقش بسته و در گوشه های سقف گل و بوته هایی زیبا ساخته شده و كتیبه ای به خط نسخ و كتیبه ای دیگر به خط كوفی بر روی زمینه آبی رنگ باقی مانده است. قطار بندی و مقرنس كاری و تزیینات درون سقف آن از لحاظ هنری جالب و از خصوصیات خاصّ این بناست. ابعاد بنای بقعه در حدود ۶/۵۸ × ۹/۱۰ متر و ضخامت دیوار های آن ۱/۶۰ متر می باشد. پس از عبور از ایوان با شكوه بقعه ، به یك دالان یا هشتی كوچك می رسیم كه خود شامل ایوان بزرگ دیگری است و به صحن بقعه راه دارد و با چهار ایوان دیگر صحن مرتبط می باشد. هسته مركزی بقعه كه شامل چهار صفّه بسیار بزرگ و قطور است، گنبدخانه بقعه را تشكیل می دهد و دارای گچ بری و نقاشی های بسیار زیبا و شكوه مند و خیره كننده می باشد. قبر حضرت امام زاده سید شمس الدین (علیه السلام) در دو طبقه تعبیه شده است. ابتدا به صورت گچ چین به ابعاد ۲ × ۳ متر و بر روی آن سنگی دیگر به ابعاد ۱۲/۵ متر قرار داده اند. و سپس در آن ضریحی مشبّك به ابعاد ۳ × ۴ متر نصب كرده اند.