مقبره شاه صفی یكم در قم، حرم حضرت معصومه قرار دارد. سابقاً روی قبر صندوق بزرگی بود، ولی اكنون در رواق زنانه واقع شده مقبره شاه صفی یكم از بناهای شاه عباس دوم است. مقبره شاه صفی یكم ۸٫۷۰ متر طول، ۵٫۷۰ متر عرض و ۱٫۸۰ متر ارتفاع داشته‌است. ساخت مقبره شاه صفی یكم از سنگ مرمر و در بالای آن كتیبه‌ای بوده بخط ثلث آقا محمد رضای امامی بر روی كاشی معرق زمینه لاجوردی كه دنباله كتیبه بحرم مطهر منتهی و جزء كتیبهٔ حرم می‌گشته‌است.
نخستین پادشاهی كه از خاندان صفوی در قم به خاك سپرده شد شاه صفی بود و پس از او سه پادشاه دیگر صفوی و نیز دو پادشاه قاجار در آن مكان دفن گردیدند. قبر با سطح رواق مساوی است و صندوق قبر كه در آن ظریف كاری‌هایی شده در موزه آستانه می‌باشد.
تزیینات سقف و بدنه آن تا اوایل قرن حاضر بر پایه‌های بنا برجای مانده بود كه هم‌اكنون از میان رفته‌است. در حال حاضر از مقبره شاه صفی جز صندوق خاتم مدفن كه در درون آستانه نگاه داری می‌شود هیچ اثری باقی نمانده‌است. این صندوق اثری بسیار نفیس از هنر خاتم كاری و منبت كاری دوره صفوی است كه برگرداگرد هر یك از چهار بدنه آن آیاتی از سوره «یس» تا پایان آورده شده‌است. شایعه حفر چندین گور برای شاه صفی، همانند پادشاهان دیگر صفوی رواج داشته‌است.
شاه صفی (زاده ۱۶۱۱ – درگذشته ۱۲ مه ۱۶۴۲) ششمین پادشاه صفوی ایران است كه از ۱۰۰۷ تا ۱۰۲۱ خورشیدی، (۱۶۲۹ تا ۱۶۴۲ میلادی یا ۱۰۳۸ تا ۱۰۵۲هجری قمری) به مدت ۱۴ سال پادشاهی كرد. او جانشین پدربزرگش شاه عباس یكم شد. صفی كه به هنگام تولد سام میرزا نامیده شد، پسر محمد باقر صفی میرزا، پسر بزرگ شاه عباس، است كه به دستور وی به قتل رسیده بود.
در نوروز، روز پنجشنبه ۱۲ ذی‌الحجه ۱۰۵۱ ه.ق به دستور شاه صفی تدارك سفر به خراسان را آماده نمودند. شاه، در ۶ محرم ۱۰۵۱ ه.ق ابتدا وارد باغ قوشخانهٔ اصفهان شدند و از آنجا از راه نطنز در تاریخ ۲۱ محرم وارد كاشان گردیدند. پس از چند روزی دوباره عارضه‌های بیماری بر شاه صفی پدیدار شده و روز به روز به تب وی افزوده شد تا آنكه در تاریخ ۱۲ صفر ۱۰۵۲ ه.ق در كاشان درگذشت و جسد او به قم، حرم فاطمه معصومه منتقل شده در رواق جنوبی حرم مدفون گردید. در مرثیه صائب تبریزی برای شاه صفی سروده شده:
در محرم كرد عزم قندهار و در صفر كرد در كاشان سفر از عالم آن كوه وقار
«ظل حق» چون بود سال شاهیش، سال رحیل گشت «آه از ظل حق» تاریخ آن عالی‌تبار
افراط در شرابخواری و مصرف تریاك در مرگ زودهنگام شاه صفی مؤثر بوده‌است.
واله اصفهانی در كتاب خلدبرین پس از بیان در گذشت وی در عمارت دولت‌خانه كاشان می‌نویسد:
اركان دولت بعد از تجهیز و تكفین نعش او را به رسم آیین سلاطین بر دوش كشیده گریان و نالان بدار المؤمنین قم روانه گردانیدند و در جوار مزار فایض الانوار مدفون نمودند.
با این حال ولی قلی‌خان شاملو، مؤلف كتاب قصص خاقانی می‌نویسد:
در باب تعیین محل دفن آن پادشاه امراء ایران بساط كنگاش گستردند. رأیها بر آن قرار گرفت كه چند نعش نقل به اماكن مشرفه نمایند و فردای آن روز سه نعش را تجهیز نموده یكی را به سمت نجف اشرف و یكی را به جانب مشهد و دیگری را بلده دارالمؤمنین قم. ظاهرش آنكه در قم مدفون شد.
و نیز شاردن فرانسوی پس از شرح و وصف مفصلی كه از تزیینات و تشریفات شاهانه آرامگاه شاه صفی و شاه عباس دوم در قم می‌دهد اثاثه زرین و اسباب گرانبهای آن را می‌شمارد تا جاییكه می‌گوید قریب به هشتاد درصد از بودجه كل عواید آستانه قم به مصرف این دو آرامگاه می‌رسد باز هم می‌گوید:
معهذا من گمان نمی‌كنم كه اجساد آن‌ها در همین مزار مدفون باشد زیرا رسم پادشاهان این كشور آن است كه مدفون حقیقی خود را مكتوم بدارند به همین جهت هنگام تدفین اجساد سلاطین معمولاً شش تا دوازده دستگاه تابوت به اسم پادشاه معرفی و در جاهای مختلف دفن می‌كنند و جز دو سه نفر از نزدیكان، كسی از محل دفن پادشاه آگاه نیست. شاردن همچنین می‌نویسد كه در آن زمان دو گروه قاری قرآن به صورت ۲۴ ساعته بر گور این دو پادشاه، قرآن تلاوت می‌نموده‌اند.
