موزه باستان شناسی ابهر شامل ۴ بخش آثار دوره‌ی تاریخی و پیش از تاریخ، آثار دوره‌ی اسلامی، كتاب‌ها، سنگ نوشته‌ها و كتیبه‌هاست كه عمده‌ی این آثار متعلق به هزاره‌ی اول هستند و بیشترین پراكندگی آثار در محوطههای تاریخی ابهر نیز متعلق به این دوره است. در موزه باستان شناسی ابهر ۲۴۸ قلم آثار باستانی از دوره های مختلف تاریخی برای بازدیدعلاقه مندان وجود دارد كه این اقلام در نوع خود بی نظیر است.موزه باستان شناسی ابهر در محدوده مقبره پیر احمد زهرنوش ابهر واقع شده است. موزه باستان شناسی ابهر دومین موزه‌ی باستانشناسی استان است كه در بقعه‌ی «پیراحمدزهرنوش» در انتهای خیابان ۱۷ شهریور ابهر واقع شده است.
بقعه پیر زهرنوش در حاشیه جنوبی شهر ابهر واقع شده است. این بقعه كه آرامگاه سه تن از بزرگان ابهر با نام‌های ابوبكر محمد بن عبدالله ابهری، مولانا شیخ شهاب‌الدین ابهری و مولانا قطب‌الدین احمد ابهری معروف به پیر احمد زهرنوش است، در كنار موزه باستان شناسی ابهر قرار گرفته و به گفته برخی از صاحب نظران بر روی بقایای خانقاهی كه متعلق به قرن چهارم هجری بوده، ساخته شده است.- بخش تاریخی : در این بخش اشیاء مكشوفه از هیدح ابهر شامل ظروف سفالی ساده ، آبریز سفالی ،كوزه سفالی ،خنجر مفرغی مربوط به عصر آهن و هزاره اول ق م دیده می‌شود . همچنین انواع ،بازوبند مفرغی ،حلقه مفرغی و ظروف سفالی دوره اشكانی در ویترین‌ها دیده می‌شود .
– دوره اسلامی : در این بخش انواع ظروف سفالی از قرن ۴ ه ق تا دوره قاجار در موزه قرار دارد . همچنین اشیاء مكشوفه از سلطانیه شامل پی سوز ساده و بشقابی و ظروف لعابدار نیز در موزه وجود دارد . در این بخش انواع كتب خطی از دوره تیموری تا قاجار با موضوع مذهبی و نجوم ،انواع تفنگهای دوره قاجار ، انواع سكه‌های دوره سلجوقی ،ایلخانی ،صفوی و قاجار و … در ویترین‌ها به نمایش گذاشته شده است . همچنین تعدادی از ظروف مسی قلمزنی دوره قاجار ساخت زنجان نیز در ویترین‌های دوره اسلامی در معرض نمایش است .
– بخش سنگ نوشته‌ها : تعدادی از سنگ مزارهای مكشوفه از روستای دره سجین ابهر و روستای فلج خرمدره مربوط به دوره قاجار و یك نمونه سنگ مزار دوره تیموری مكشوفه از صائین قلعه ابهر نیز در این بخش در معرض نمایش است .همچنین اشیاء اهدایی از سوی اهالی ابهر در این بخش دیده می‌شود .
دیوار خارجی بنا كه از آجر و با نقش ساده ساخته شده است ، دارای پیش و پس سازی هایی است كه جلوه خاصی به مجموعه بخشیده است پلان این اثر تاریخی هشت ضلعی می‌باشد كه گنبد یك پوش آن با هنرمندی تمام اجرا گردیده است . تبدیل فضای هشت ضلعی به سطح و محیط مدور برای اعمال گنبدزنی به مدد فیلپوشهای متقارن كه مزین به قاببندیهای زیبای گچ‌بری شده‌ایست انجام پذیرفته است.
همچنین برای تعدیل دما و رطوبت و تامین نور و روشنایی و بخشهایی از بدنه این فیلپوشها نورگیرهایی جا گرفته‌اند . در داخل بقعه و زیر گنبد ، در چهار گوشه ، چهار ترنبه زده شده و طرح چهار ضلعی به هشت ضلعی تبدیل گشته است . در طاقنماهای میان هر دو ترنبه نور گیری جا سازی شده است .
بر فراز بقعه ، گنبدی مخروطی شكل بر پا شده كه به زیبایی این مجموعه افزوده است. بنا ، از آثار قرن نهم شناخته شده وتوجه به نقشه بنای موجود و نگاهی به متون تاریخی نشان می‌دهد كه این مجموعه دارای دو كاركرد متفاوت بوده است.
وجود سردابه در داخل گنبد خانه نشانگر استفاده از این بخش به عنوان یك مكان تدفینی است. هر چند به دلیل حفریات غیر مجاز امروزه اثری از قبر یا قبرهای احتمالی باقی نمانده است، اما شكل سردابه در زیر یك گنبد خانه به عنوان یك مكان تدفینی همواره در معماری دوران اسلامی مورد استفاده قرار گرفته است.
این بنا در سال ۱۳۶۵ تعمیر و با شماره ۹۸۱ در فهرست آثار ملی كشور به ثبت رسیده است. از فضای مجاور این آرامگاه هم اكنون به عنوان اداره میراث فرهنگی استفاده می شود.
