شیخ كلخوران در اسناد تاریخی ، سده های ششم و هفتم هجری قمری نام آبادی مهم در مسیر خروجی اردبیل به سمت مغان و مناطق قفقاز در حومه شمالی شهر اردبیل بود .موقعیت خاص این آبادی سبب شد كه تبار صفویان قبل از استقرار در اردبیل این نقطه تاریخی را به عنوان مركز اصلی اقامت خود انتخاب كنند . همین موقعیت مناسب روستای كلخوران از عصر سلجوقی تا دوره معاصر تداوم یافت ، وجود مزار آستانه انمامزاده سید صدرالدین بن امام موسی بن جعفر (ع) متعلق به دوره سلجوقی و اقامت برخی از شخصیت های مذهبی مهاجر از مناطق شیعه نشین لبنان در عصر صفوی در این نقطه جغرافیایی بر جایگاه خاص این روستا در ناحیه اردبیل دلالت دارد .
با ظهور تبار صفویان از كلخوران این آبادی به یكی از مناطق موثر شهر اردبیل تبدیل گردید . صلاح الدین رشید فرزند محمد الحافظ نامن اولین فرد از تبار صفوی است كه در سده ی ششم هجری با حضور در كلخوران فصل جدیدی را در تاریخ آذربایجان و ایران رقم زد . بنابراین كلخوران تا اوایل سده هشت هجری قمری و قبل از دار الارشادی شهر اردبیل توسط سر سلسله صفویان به عنوان مركز فعالیت های فرهنگی و اجتماعی و سیاسی نظامی تبار شیخ صفی الدین اردبیلی ، مخصوصا قطب الدین احمد و صالح برای گسترش اسلام در منطقه و سرزمین های قفقاز بود .
زمانی كه نوبت به سید امین الدین جبراییل پدر بزرگوار شیخ صفی الدین اردبیلی رسید بیش تر بر اهمیت این آبادی افزوده شد . وی به روش پدران عمر خود را به زراعت و دستگیری از محتاجان و بینوایان گذراند و علاوه بر ارشاد و طریقه ی حقیقت و نشر آموزه های اسلامی در میان مردم منطقه ، زراعت و دستگیری از محتاجان و بینوایان گذراند و علاوه بر ارشاد و طریقه ی حقیقت و نشر آموزه های اسلامی در میان مردم منطقه ، زراعت پیش گرفته و عمر هفتاد ساله ی خود را با كشاورزی در كلخوران سپری نمود و پس از رحلت در این محل آرام گرفت . نفوذ معنوی و ارادت ایلخانان مغول و امیر تیمور گورگانی به صفویان سبب شد كه این حاكمان تمام اراضی كلخوران را پس از خرید و تملك به عنوان موقوفه به این خاندان و آستانه آنها اختصاص دهند .
محوطه فعلی كه با عبارت بقعه شیخ امین الدین جبراییل در ۱۳۱۰/۱۵/۱۰ تحت شماره ۶۵ در فهرست آثار ملی كشور به ثبت رسیده است در عصر صفوی به طرز روضه باغ طراحی و احداث شد .
شیخ كلخوران در ۳كیلومتری شهر اردبیل واقع شده (در حال حاضر به علت گستردگی شهر اردبیل به یكی از محله‌های آن تبدیل گشته) این آبادی از دیر باز به علّت وجودآرامگاه جد سلاطین صفوی در آن مورد توجه بوده كه ازنظرآبادانی باشهراردبیل رقابت داشته ومهاجرپذیربوده وعده‌ای از علمای طالقان وجبل عامل لبنان و اهالی خیاو مهاجرت ودرآن سكونت گزیدند لیكن براثرتوسعه اردبیل متصرفات آن ضمیمه اردبیل وهمانند ادغام شهرری درتهران جزو محلات قسمت شمالی اردبیل محسوب شده ومركزیت دهستان كلخوران راداراست.
بزرگترین مجموعه تاریخی كلخوران شیخ آرامگاه امین‌الدین جبرائیل است، كه به پدر شیخ صفی‌الدین اسحق، جد سلاطین صفوی تعلق دارد و در نیمه اوّل قرن دهم هـ. ق احداث شده‌است.
این محوطه با ابعاد ۲۰۰ متر شرقی غربی در ۱۵۰ متر شمالی جنوبی متشكل از بناهای متعدد و بقاع متبركه منتسب به تبار و اجداد صفویان به قرار ذیل است :
۱- مقبره آستانه متبركه سید امین الدین جبرییل معروف به بقعه شیخ كلخوران در هسته اصلی روضه باغ
۲- مقام متولی و زایر سرا در دو سوی شمالی و جنوبی ، فضاهای جنوبی تخریب شده و موجود نیست
۳- بقعه سید حمزه (ع) معروف به ساری گل آقاسی در ضلع جنوبی نزار سید امین الدین جبراییل
۴- بقعه سید مجمد الاعرابی در ضلع غربی روضه باغ
۵- بقعه سید عوض الاخواص بن فیروز شاه زرین كلاه ( قیزیل باش ) در سمت شرقی روضه باغ
۶- مخوطه معروف به كاروانسرا در منتهی الیه گوشه شرقی روضه باغ
۷- دو دروازه در دو سوی شمالی و جنوبی روضه باغ ، بادرهای چوبی عصر صفوی
۸- مقبره سید غنی عاملی متعلف به دوره معاصر در گوشه ی شرقی و روضه باغ
