جهت رشته كوه های هزار مسجد ، از شمال غربی به جنوب شرقی و ادامه ارتفاعات كپه‌داغ و بالخان است كه در تركمنستان قرار دارند.بخشی از كوه‌های هزارمسجد را « كپه‌داغ » می‌نامند. در امتداد جاده درگز – قوچان، این رشته به نام اللّه‌اكبر خوانده می‌شود كه ارتفاع قله اصلی آن ۲۴۰۰ متر است. این كوه، ناحیه قوچان را از درگز جدا میكند. این كوهستان كه عبور از آن دشوار است، به مدت زیادی مانعی عمده برای ارتباط بین دو ناحیه قوچان و درگز بوده است. رشته كوه هزار مسجد را می توان از جاهای دیدنی و جاذبه های طبیعی مشهد نام برد .
در شرق اللّه‌اكبر، كوه كاماس و كوه خارپشته قرار گرفته‌اند كه ارتفاع آن‌ها به ۲۴۱۰ متر می‌رسد و هنوز هم انبوه‌ترین جنگل‌های اُرُس كوه‌های هزارمسجد در آن‌ها دیده می‌شود. كوه عمارت، در جنوب شرقی اللّه‌اكبر و در شرق شهر قوچان قرار گرفته است، و رودخانه اترك از آن سرچشمه می‌گیرد كه با بستری به طول ۶۰۰ كیلومتر طویل‌‌ترین رود این ناحیه از استان خراسان است.
قله مرتفع این رشته‌كوه، یعنی قله هزارمسجد با ۳۰۰۰ متر ارتفاع، در شمال غربی شهر مشهد قرار گرفته است.
بر دامنه‌های شمالی این قسمت (به فاصله ۱۸۰ كیلومتر خط مستقیم از شمال مشهد) منطقه كلات نادری قرار گرفته كه در كوهپایه‌ای وسیع بین این كوهستان و دشت قره‌قوم تركمنستان گسترده شده است.
از شمال شرقی شهر مشهد و یا از دره خور، هرچه كه به طرف شرق پیش برویم، از ارتفاع و طول این كوه‌ها كاسته می‌گردد. امتداد رشتهكوههای هزارمسجد در این جا، نام‌های قره‌داغ و كوه مزدوران به خود می‌گیرد. ارتفاع این كوه‌ها در قره‌داغ از ۱۶۵۰ متر، و كوه مزدوران از ۱۲۰۰ متر تجاوز نمی‌كند. ولی منطقه پساكوه و دشت سرخس را از كشف‌رود جدا می‌سازد.
امتداد هزارمسجد در جنوب منطقه سرخس، به معنی اخص كلمه، از تپه‌هایی تشكیل شده است كه ارتفاع آن‌ها از ۸۰۰ متر تجاوز نمی‌كند. رودخانه هریررود كه در این جا تجن نام دارد و مرز ایران و تركمنستان را تشكیل می‌دهد، شكافی را در این تپه‌ها باز میكند كه جهت جنوبی – شمالی دارد و ارتفاع آن حدود ۲۵۰ متر است.
می‌‌توان گفت كه كوه‌های هزارمسجد و كپه‌داغ میان رشتهكوههای بالخان تركمنستان در غرب، و ارتفاعات شمال افغانستان در سمت شرق، قرار گرفته است.
