منطقه حفاظت شده مراكان در جنوب سواحل رودخانه ارس و در شهرستان خوی قرار دارد .
مرز شمالی این منطقه رودخانه مرزی ارس و جمهوری آذربایجان است.
این منطقه از شمال به رودخانه ارس ، از جنوب به دشت فرسایشی رودخانه قطور چای ، از غرب به دشتهای كشاورزی قره ضیاالدین و از شرق به جاده اصلی كه از جلفا منشعب شده و به سمت جنوب ادامه می‌یابد در امتداد خط لوله گاز محدود می‌شود . سد ارس در بخش شمال غربی منطقه واقع شده است .
حداقل ارتفاع منطقه ۷۲۰ متر در بخش شرقی منطقه و حداكثر ارتفاع منطقه ۲۱۰۰ متر در ارتفاعات كلیسای سنت استپانوس قرار دارد . به طور كلی دور تا دور منطقه حالت دشت و تپه ماهور بوده و ارتفاعات منطقه در بخش میانی آن قرار دارد.
در تاریخ ۲۰/۷/۱۳۴۴ مراكان و یكانات بعنوان منطقه حفاظت شده تصویب گردید و پس از آگهی تحت حفاظت قرار گرفت .
در سال ۱۳۴۶ منطقه یكانات از مراكان جدا شد و مراكان با وسعتی معادل ۹۲۷۱۵ هكتار بر اساس مصوبه شماره یك شورای عالی شكاربانی و نظارت بر صید در تاریخ ۲/۶/۱۳۴۶ بعنوان منطقه حفاظت شده به تصویب رسید .
تا قبل از سال ۱۳۴۶ به علت چرای بی رویه احشام ، قطع اشجار ، شكار غیر قانونی و تبدیل علفزارها به زمین‌های كشاورزی ، تخریب اراضی مختلف منطقه به شدت رو به فزونی گشت ولی در سال ۱۳۴۶ پس از برخورداری از عنوان حفاظت شده و سعی و كوشش شكاربانان پوشش گیاهی منطقه احیا گردید. منطقه
حفاظت شده مراكان خوی بعنوان مهمترین و زیباترین منطقه اكوتوریسم با ۱۰۳هزار و ۹۸۳ هكتار مساحت از قدیمی‌ترین مناطق چهارگانه سازمان حفاظت محیط زیست است.
این منطقه بر اساس مصوبه شماره ۲۲۰ شورایعالی حفاظت محیط زیست در تاریخ۲۵/۷/۱۳۸۰ به مساحت۱۱۴۳۵ هكتار تحت حفاظت قرار گرفت .
در منطقه حفاظت شده مراكان ۲۸ گونه از ۱۲ خانواده در ۵ راسته پستاندار شناسایی شده است كه شاخصترین آنها عبارتند از : قوچ و میش ارمنی ، كل و بز ، پلنگ ، سیاه گوش ، هامستر خاكستری.
تاكنون در این منطقه ۱۲۸ گونه پرنده متعلق به ۳۴ خانواده مورد شناسایی قرار گرفته است كه از عمده‌ترین آنها می‌توان هما ، عقاب طلایی ، بالابان ، كبك دری ، كبك چیل ، كركس مصری ، دال می‌باشند .
تاكنون ۳۴ گونه از خزندگان و ماهیان منطقه مورد شناسایی قرار گرفته است كه از مهمترین آنها می‌توان به افعی البرزی ، لاك پشت مهمیزدار غربی ، ماهی اسبله و … اشاره كرد
سیمای كلی منطقه جنگلی – كوهستانی است كه رودخانه زاب از وسط آن می‌گذرد . حداقل ارتفاع منطقه در بستر رودخانه زاب ۱۳۰۰ متر و حداكثر ارتفاع منطقه ۱۸۵۲ متر در قله كوه حاج متك میباشد .
علاوه بر اجتماع درختان بلوط كه ۷۰ درصد پوشش جنگلی منطقه را تشكیل می‌دهد ، اجتماعات كوچكی از ولیك ، زالزالك ، بنه ، كیكم ، گردو ، بادام وحشی و بعضاً سماق در منطقه قابل مشاهده است . همچنین تك درختان سیب ، گلابی ، گوجه وحشی و نسترن نیز در منطقه بچشم می‌خورد .
منطقه حفاظت شده مراكان از لحاظ پوشش گیاهی دارای ۱۰ تیپ اصلی و مقداری اراضی زراعی ،جنگلی ،صخرهای و شهری میباشد.پوشش گیاهی منطقه از پراكندگی خاصی در نقاط مختلف آن برخوردار بوده بطوریكه در بخشهای گرم ،تپه ماهور ،در شیب‌های ملایم و غیر صخره ای تركیبی از جوامع علفی و گراس‌های مختلف نظیر استیپا ،پوا ،مرغ ،جودوسر ،و آگروپیرون معمولا همراه با رویش گونه‌های درمنه تشكیل شده است در سایر مناطق به ویژه در نقاط مرتفع ،انواع گونه‌های خشك ،خاردار و پشته ای نظیر گون‌ها ،چوبك و كلاه میر حسن با گونه‌های علفی همراه می‌شوند .در پاره ای از نقاط آن فقط گونه درمنه با گونه‌های علفی همراه دارد.در كوهپایه‌ها و درههای نقاط مختلف منطقه ،مخصوصا در ارتفاعات شمالی و مركزی درختچه هایی نظیر شیر خشت ،رامنوس ،نارون ،گلابی وحشی ،كاهی بنه و نسترن وحشی به چشم می‌خورد .جوامع گز در كناره‌های رودخانه ارس و گونه قیچ غالبا در غرب دره شام از گویسال تا آق بلاغ بطور پراكنده دیده می‌شود.
در اكثر درههای پرآب ، اجتماعات بزرگ گردو شكوه خاصی به منطقه بخشیده است . همچنین در كنار و حاشیه رودخانه‌ها اجتماعات بید و زبان گنجشك و تبریزی نیز یافت می‌شوند .
خرس قهوه ای ، سنجاب ایرانی ، گراز ، گرگ ، خرگوش ، لك لك سفید ، كشیم بزرگ ، شاه بوف ، قرقی ، گونه هایی از اردكها ، گونه‌های مختلفی از مارمولكها از شاخصترین گونه‌های جانوری منطقه هستند.
