منار زین الدین را خواجه زین‌الدین، برادر خواجه عماد‌الدین محمود ( توسعه دهنده مسجد میر عماد و بناهای میدان سنگ ) در دوره جهانشاه قراقوینلوی در نیمه دوم قرن نهم هجری قمری ساخت. در كنار این مناره خانقاهی نیز بنا كرد كه امروزه چیزی از آن باقی نمانده است و به جای آن مسجدی احداث كرده‌اند.
این مناره در حال حاضر با نیمی از ارتفاع اولیه در خیابان ملا حبیب الله شریف ( دروازه اصفهان ) دیده می‌شود. در حوالی سال ۱۳۰۵ به دستور شهردار وقت كاشان و با پرداخت مبلغی معادل یك هزار تومان به معمار خبره‌ای به نام حاج حسینعلی، حدود ۲۴ متر از ارتفاع این مناره تخریب شد. حال آنكه معمار سازنده اولیه مناره تعمدا آن را به صورت خمیده ساخته بود. در بعضی از قسمت‌های بدنه بیرونی مناره، با استفاده از كاشی‌های فیروزه‌ای، در محیط مناره نوار كمربند مانندی ساخته شده بود كه تا بهار ۱۳۹۱ برجا بود. در این زمان دزدان با استفاده از داربست‌هایی كه برای مرمت مناره نصب شده بود، این كاشی‌های فیروزه‌ای را به سرقت بردند.
