آستان باشكوه امامزاده سیدجعفرمحمد(علیه السلام) دردروازه قرآن یزد ودرضلع جنوبی جاده یزد ـ تهران (بلوار جمهوری اسلامی) واقع شده و از بقاع متبركه و پررونق شهرستان یزد به شمارمی آید. بنای اصلی آن كه ازخشت وگل و با نمای آجری متعلق به دوره قاجاریه بوده درسال ۱۳۴۸ هجری شمسی تخریب و به جای آن بنای بسیار با ابهتی درابعاد ۱۴×۱۴ متر ساخته شده است. و با اضافه نمودن مساحت دو ایوان سمت شرقی و شمالی حرم مساحتی درحد ۲۴۰ مترمربع دارد فضای باز زیرگنبد با ارتفاع ۵/۲۴ ازسطح زمین شكوه وعظمتی به این مكان داده است. بدنه حرم با سنگ مرمر یزد تزیین شده كه در نوع خودكم نظیراست و مابین سنگ بدنه و آینه كاری اشعاری روی سنگ حك شده كه باعث زیبایی مضاعف این بنا شده است سپس آینه كاری شروع می شود كه بقیه نمای درونی حرم را تزیین نموده. ضریح در ابعاد ۴×۳ متر واز قطعات طلا ونقره ساخته شده است و اطراف آن چهل تاج طلا دارد كه روی آنها اسماءالله برزمینه مینا نقش بسته. دردانشنامه مشاهیریزد نیزنوشته شده: «امامزاده سیدجعفرمحمد فرزند ابوالحسن علی ونوه امامزاده جعفر معروف به سیدجعفردر اواخرسده چهارم به دنیاآمد. نسبش با شش واسطه به امام جعفرصادق (علیه السلام) می رسد. برخی وی را از نوادگان امام سجاد (علیه السلام) درسده پنجم هجری قمری درگذشت. علامه نسابه ابوالحسن علی بن القاسم بن زید بیهقی درتقریر نسب وی بعد از اشاره به نسب شریف امامزاده جعفریزد می نویسد: «و برای علی بن محمد أبی جعفر (امامزاده جعفر یزد) بن علی بن عبیدالله بن احمد الشعرانی بن علی العریضی بن امام جعفر صادق (علیه السلام) سه فرزند به اسامی ذیل است: ابوالحسن زید، ابوجعفرمحمد و ابوطالب طاهر» السَّلامُ عَلَیكَ اَیُّهَا السَّیِّدُ الزَّكِیُّ، اَلطّاهِرُ الوَلِیُّ، وَالدّاعِی الحَفِیُّ؛ اَشهَدُ اَنَّكَ قُلتَ حَقّاً، حَقّاً، وَنَطَقتَ حَقّاً وَصِدقاً، وَدَعوتَ اِلی مَولایَ وَمَولاكَ، عَلانِیَةً وَسرًّا، فازَ مُتَّبعُكَ، وَنَجا مُصَدّقُكَ، وَخابَ وَخَسرَ مُكَذّبُكَ، وَالمُتَخَلِّفُ عَنكَ، اَشهَد لی بهذهِ الشَّهادَةِ، لِاَكونَ مَنَ الفائِزینَ بمَعرِفَتِكَ وَطاعَتِكَ، وَتَصدیقِكَ وَاتِّباعَكَ، وَالسَّلامُ عَلَیكَ یا سَیِّدی وَابنَ سَیِّدی. اَنتَ بابُ اللهِ المُؤتی مَنهُ، وَالمَأخوذُ عَنهُ، اَتَیتُكَ زائِراً، وَحاجاتی لَكَ مُستَودعةً، وَها اَنَا ذا اَستَودعُكَ دینی وَاَمانَتی، وَخَواتیمَ عَمَلی، وَجَوامِعَ اَمَلی اِلی مُنتَهی اَجَلی، وَالسَّلامُ عَلَیكَ وَ رَحمَةُ اللهِ وَبَرَكاتُه. *** سلام بر تو ای آقای پاك و پاكیزه و سرور من و ای دعوت كننده (به حق) به مهربانی، گواهی دهم كه تو حق گفتی و به حق و راستی سخن كردی و (مردم را) آشكارا و نهان بسوی مولای من و مولای خودت دعوت فرمودی رستگار شد پیرو تو و نجات یافت تصدیق كننده ات و نومید و زیانكار شد تكذیب كننده ات و آنكس كه با تو مخالفت كرد گواه باش برای من این گواهی را تا من بوسیله معرفت و اطاعت تو و تصدیق و پیروی كردنت از زمره رستگاران باشم و سلام بر تو ای آقای من و ای فرزند آقای من توئی درگاه خدا كه از آن درآیند و (معالم دین را) از آن بگیرند آمده ام به درگاهت برای زیارت و حاجتهای خود را به تو سپرده ام و من اكنون به تو می سپارم دینم و امانتم و سرانجام كارهایم و همه آرزوهایم را تا پایان عمرم و بر تو باد سلام و رحمت خدا و بركاتش.