در صحن امامزاده جعفر بنایی هشت ضلعی به مساحت ۷۵ متر مربع وجود دارد كه آنرا بقعه امامزاده محمد از اولاد حضرت امام موسی كاظم (ع) می دانند. داخل بقعه امامزاده هشت ضلعی و مرتفع و پوشش چپ و راست آن هره مانند است. بنای دارای گنبدی است كه ارتفاع آن حدود ۱۲ متر می باشد.بر اساس كتیبه داخل بنا بنای این امامزاده نیز در زمان شاهرخ تیموری ساخته شده است۰ اما در سالهای اخیر نمای خارجی بنا با آجر معمولی باز سازی شده است