مجموعه مولانا شیخ زین‌الدین در حقیقت شامل آرامگاه و مسجد مولانا زین‌الدین ابوبكر تایبادی است كه شاخص‌ترین جاذبه گردشگری شهرستان تایباد در غرب استان خراسان رضوی به شمار می‌رود و در مسیر جاده تایباد به خواف قرار دارد.
مزار شیخ زین‌الدین در فضای باز مجموعه واقع شده است. در اطراف مزار محجری (حفاظ فلزی) كشیده شده و دو لوح سنگی خاكستری رنگ یكی بر روی قبر و دیگری در بالای سر آن به صورت افراشته قرار داده شده است. در بالای سر قبر سنگ دیگری وجود دارد كه بر اساس كتیبه آن مشخص می‌شود محجر خاكستری در سال ۱۰۳۰ هجری قمری توسط شخصی به نام خواجه درویش، تقدیم مزار شده است.
در برابر مزار شیخ، بنای باشكوهی دیده می‌شود كه بنابر شواهد موجود، در سال ۸۴۸ هجری قمری به دستور پیراحمد خوافی؛ وزیر شاهرخ تیموری جهت مسجد و نمازخانه توسط بزرگ‌ترین معماران دوره تیموری (دو برادر به نام‌های غیاث‌الدین و قوام‌الدین شیرازی) بنا گردیده است.
نقشه بنا شامل گنبدخانه‌ای چهارتاقی با ایوانی رفیع در جلوی آن و با اتاق‌های دو طبقه‌ای در طرفین است. راه ورود به طبقه اول هر یك از اتاق‌ها، از درگاه كنار ایوان و راه ورود به طبقه دوم، از پلكان‌هایی است كه در بیرون بنا قرار دارند.
در پشت ایوان، ۶ طاق‌نما قرار دارد. تمامی سطوح نمای ایوان و تاق‌های حجره‌های طرفین آن با استفاده از كاشی نره به شیوه معقلی و كاشی معرق تزئین شده است. شاه‌نشین‌هایی با پوشش نیم‌گنبدی با گوشه‌سازی‌ها و مقرنس‌كاری‌هایی دارد و بر فراز آن گنبدی با استفاده از سه كنج‌های مقرنس‌كاری شده و كاربندی ساخته شده است.
در چهار گوشه بنا، ۴ پلكان تعبیه شده كه به حجره‌های طرفین ایوان و به پشت‌بام راه می‌یابند و ورودی آن‌ها از بیرون بنا می‌باشد. فضای داخلی بنا در گذشته از طریق درگاه‌های شمالی و جنوبی نیز به بیرون راه داشته كه امروزه مسدود است.
نمای بیرونی با قاب‌های ساده آجری و نمای ایوان و داخل آن با كاشی‌كاری معقلی، معرق و تلفیق سنگ و كاشی تزئین شده است. عناصر تزئینی شامل نقوش گیاهی، هندسی و كتیبه‌ها می‌باشد.
در میان قبرستانی كه در شرق مقبره مولانا زین‌الدین ابوبكر و به فاصله كمی از آن قرار دارد، بنای كوچكی دیده می‌شود. این مقبره دارای ایوانی در ضلع غربی است به ارتفاع ۶.۵، عرض ۵.۵ و دهانه ۰.۳۱ متر با تاق گهواره‌ای و تویزه‌ای در جلوی آن كه دو مناره تزئینی كوچك نیز در بالای آن جای گرفته است. پیشانی آن و زیر كلاهك مناره‌ها و حاشیه قوس ایوان را با كاشی‌های نره فیروزه‌ای و لاجوردی كه از مسجد مولانا آورده‌اند، تزئین كرده‌اند. در داخل ایوان محرابی وجود داشته است كه در چند دهه اخیر راهی از آن به داخل بنایی كه در پشت ایوان ساخته‌اند، باز كرده‌اند. در طرفین این ایوان، ۲ چله‌خانه تعبیه شده است.
در مقابل این بنا، صحنی به ابعاد ۵.۵×۶ متر واقع شده كه در هر ضلع آن، سه طاق‌نما دیده می‌شود. در وسط صحن، قبر برجسته‌ای وجود دارد و ورودی آن از جبهه شمالی است كه به مقبره شیخ زین‌الدین علی (پدر شیخ زین‌الدین ابوبكر) منسوب است اما با توجه به كتیبه‌ای كه روی سنگ قبر وجود دارد، معلوم می‌شود كه قبر متعلق به شخصی به نام خواجه محمدهاشم، ولد میرحاج است از این رو احتمال داده می‌شود كه شاید سنگ قبر از جای دیگری آورده شده باشد.
مولانا شیخ زین‌الدین ابوبكر، یكی از صوفیان برجسته قرن هشتم هجری قمری (معاصر با تیمورلنگ و حافظ شیرازی) بوده كه بر اساس آنچه كه بر روی سنگ مزار نوشته شده، در سال ۷۹۱ هجری قمری وفات یافته است
