در جوار مقبره هارون ولایت، مسجدی قرار گرفته كه در زما ن شاه اسماعیل اول صفوی به سال ۹۲۹ هجری قمری ساخته شده است. این بنای باشكوه و زیبا از نظر هماهنگی در ابعاد و اندازه ها و نیز از لحاظ آراستگی نمای سر در در عداد یكی از شاهكارهای عصر صفوی است.
مسجد علی در محل مسجدی ساخته شده كه متعلق به عصر سلجوقی بوده و در عصر صفوی تخریب شده است. اما مناره قدیمی آن كه حدود ۴۰ متر ارتفاع دارد و با كتیبه ای كوفی و كاشی تزئین شده باقی مانده است.
مسجد علی به شكل ۴ ایوانی ساخته شده و ایوان جنوبی آن از ایوان های دیگر بزرگتر است در پشت این ایوان شبستان گنبد دار قرار دارد.
گنبد مسجد علی از داخل با مقرنس های گچی تزئین شده و كتیبه ای به خط ثلث شامل آیاتی از قرآن كریم و تاریخ ۹۲۹ هجری قمری بر گردن گنبد نوشته شده است. خارج گنبد نیز با كاشیكاری تزئین شده است. كتیبه سردر به خط ثلث و با كاشیهای معرّق سفید بر زمینه آبی با خط شمس الدین تبریزی شامل آیاتی از قرآن كریم و نام شاه اسماعیل صفوی و بانی مسجد میرزاشاه حسین اصفهانی می باشد.
مسجد علی از نظر معماری و تزئینات و مقرنس های گچی داخل گنبد و كاشیكاری آن در ردیف مساجد بسیار مهم دوران صفوی به شمار می رود.
