تاریخچه ساخت مسجد جامع اردستان را می‌توان به سه دوره تقسیم كرد
دوره نخست- قرن سوم ه. ق ‚مسجد به صورت گنبدی ساخته شد
دوره دوم- در قرن سوم وچهارم ه. ق از صورت گنبدی به مسجدی كوشك مانند تبدیل شد
دوره سوم – در قرن ششم ه. ق در عهد سلجو قیان مسجد ویران و به صورت چهار ایوانی بنا شده‌است.
بنا دارای دو تاریخ احداث است؛ یكی ۵۵۳ هجری قمری كه در انتهای كتیبة بزرگ شبستان گنبدی آمده و دیگری ۵۵۵ هجری قمری كه در ایوان جنوبی شبستان ثبت شده‌است و به ظاهر چنین می‌نماید كه شبستان و ایوان همزمان ساخته شده‌اند، حال آن كه چنین نیست. واقعیّت این است كه حدود سال ۵۵۳ هجری قمری، هنگامی كه مسجد اوّلیّه را به صورت مسجدی چهار ایوانه درآوردند و شبستان گنبدی را تبدیل به نمازخانة مسجد كردند، این شبستان را با كاشی‌هایی نظیر كاشی‌های بناهای جدید پوشاندند.
موقعیت جغرافیائی:
از جنوب به آب انبار‚ از مغرب به معبر باغ، از شمال به معبر باغ و از غرب به حمام عمومی و كاروانسرا
مسجد جامع اردستان به سبك مسجد جامع اصفهان (شیوه رازی) بنا شده واكنون مسجدی چهارایوانی است. این مسجد ورودی‌های متعددی دارد. ورودی اصلی كه دالان طویلی است‚ در گوشة جنوب غربی مسجد قراردارد كه ازیك سو به محلة فهره‚ واز سوی دیگر به دشت محال راه دارد. نمای این ورودی از یك قوس ‚ دو طاق نمای محرابی شكل ‚دولچكی ‚دونیم ستون آجری ‚دو قاب تزیینی ودو سكوی آجری تشكیل شده‌است.
در قسمت شمالی مسجددوورودی قرارگرفته ‚یكی به مدرسة علمیه متصل است و دیگری به فاصلة اندكی‚ گذر شمالی را به داخل مسجد مرتبط می‌كند. این ورودی‌های متعدد عامل ارتباط فضاهای اطراف با مسجدند.
مسجد جامع اردستان از ۴ ایوان یا صفه تشكیل شده كه بشرح زیر است:
صفه صاحب الزمان
صفه جنوبی كه شامل ایوان وگنبد خانه می‌باشد به صفه صاحب الزمان مشهور بوده واز قدیمی‌ترین قسمتهای مسجد می‌باشد گنبد این صفه روی ساختمان مربعی شكلی كه توسط گوشواره‌ها به ۸ ضلعی و۱۶ ضلعی تبدیل شده‌است وزمینه دایره شكلی را كه گنبد برروی آن سوار شده مهیا گردیده ‚ وضع طاق بندی وآجر كاری زیر گنبد از شاهكارهای هنری وفوق العاده مهم دوران سلجوقی ومتعلق به اواخر قرن پنجم ه. ق می‌باشد. در گنبد خانه مسجد كتیبه‌های زیبا به خط ثلث در طاق‌های قوسی واطراف شبستان به چشم می‌خورد كه در نگاه اول استنباط می‌گردد كه فرد خیری به نام محمود اصفهانی معروف به غازی در سال ۵۵۱ ه. ق آن را تعمیر نموده‌است
ایوان شمالی
این ایوان كه به صفحه صفا معروف است در دوران پادشاهی شاه طهماسب صفوی وبه سعی و كوشش و توسط معمار استاد حیدر علی بن ذوالفقار اردستانی از معماران زبردست قرن دهم هجری تكمیل گردیده‌است.
ایوان شرقی
این ایوان به صفه امام حسین ویا صفه امیر جمله معروف می‌باشد كه در قرن یازدهم ه. ق به اهتمام میر محمد سعید ملقب به امیر جمله المك ارسادات عظام حسینی اردستان احداث شده وموقوفه‌ای بر آن مقرر داشته وبرروی دری كه یك لنگه از آن موجود است این شعر زیبا حك شده‌است.
ساخت ركن این مسجد به صفا……………… جمله الملك آن سعید لقا
ایوان غربی
این ایوان به صفه امام حسن مجتبی (ع) ویا حكیم الملك معروف است در این صفه كتیبه‌ای به خط نستعلیق وجود دارد كه قسمتهائی از آن خراب شده‚ در سقف این ایوان نقاشی‌ها وآیات قرآنی به طرز زیبائی نقش بسته ودر بالای آن مناره‌ای قرار دارد. ومیتوان از ساكنین محترم آن اهالی آقای طالبی را نام برد كه نقش اساسی در تعمیرات و حفظ این منبع ارزشمند ایرانی دارند.
