كلیسای نسطوریان ساسانی است به گمان باستان شناسان یگانه كلیسای باقی مانده از این دوران است كه می توان آنرا نماد بارز تعلق خلیج فارس به ایران و ایرانی دانست. بقایای بجای مانده از این كلیسای كه ضمن كاوشهای پروفسور گیرشمن فرانسوی در سال ۱۳۳۷ مورد بررسی قرار گرفت نشان می دهد كه این جزیره در عصر ساسانیان میزبان جماعت بزرگی از نسطوریان بوده است. در آن زمان شهر بخت اردشیر یا ریشهر فعلی در دوازده كیلومتری بوشهر یكی از مهمترین مراكز مسیحیان ایران بود كه تا جزیره خارگ فاصله چندانی نداشت. بندری كه قدمت تاریخی آن به عهد ایلام می رسد و در آن زمان با عنوان لیان شناخته می شد. روستایی كه بدست اردشیر ساسانی توسعه یافت.
پروفسور گیرشمن كلیسای نسطوریان را چنین توصیف می كند: كشیشان نسطوری خارگ به بهای كوششی بسیار، طولانی و طاقت فرسا كلیسایی زیبا بنا نهادند كه با قطعات بزرگ سنگ تراشیده ساخته شده بود و صحن سه گانه ای به سبك ساسانی دارد كه قسمت میانی آن از صحن های جانبی بزرگتر است. بلندی طاقهایی كه سه قسمت صحن را می پوشاند محتملا می بایست در حدود شش هفت متر بوده باشد. از دیگر قسمت های این كلیسا می توان از محل همسرایان یعنی جایی كه در كلیسا سرودهای مذهبی را می خوانند، محراب، خزانه جای نگهداری اشیایی كه در عشاء ربانی بكار می رود، جامه خانه اطاقی كه البسه و زیورآلات مخصوص تشریفات كلیسایی را در آنجا نگهداری می كنند، نام برد. از دیگر قسمتهای این كلیسا نیز می توان به تالار كتابخانه و تالار مجمع كشیشان نام برد. اطراف صحن كلیسا میدانگاه بزرگی است كه خانه های صومعه را شامل می شود كه مشتمل بر حدود شصت حجره است كه هر یك دارای سه قسمت كوچك می باشد كه یكی از آنها جای خواب می باشد. همچنین در چند صد متری كلیسا چندین ویرانه كوچك بفواصل زیاد از یكدیگر وجود دارد كه خانه های كشیشان را شامل می شود.
این مجموعه كلیسا دارای تزییناتی گچی بوده كه در كاوش های پروفسور گیرشمن بدست آمده است. نمونه های گچبری بدست آمده از خارك، پنج قطعه با نقوش گیاهی و نقش صلیب هستند كه اكنون در مخزن موزه ملی ایران نگهداری می شوند. این گچبری ها مدتی پیش توسط موزه ملی ایران و در نمایشگاهی تحت عنوان تزیینات گچبری دوره ساسانی در معرض دید عموم قرار گرفته است.
اما آنچه اكنون موجب نگرانی دوستداران و كارشناسان میراث فرهنگی می شود عدم توجه كافی مبنی بر حفظ و مرمت میراث گذشتگان است بطوریكه كتیبه هخامنشی جزیره خارگ تنها در اندك زمانی پس از كشف تخریب گردید. اكنون با توجه به نهایی شدن طرح تبدیل جزیره خارگ به سایت موزه و موافقت شركت نفت با تخصیص سه میلیارد تومان اعتبار به این پروژه ملی از مسئولین سازمان میراث فرهنگی و گردشگری انتظار می رود كه با آماده سازی طرحی جامع از این كلیسا و دیگر آثار باستانی خارگ زمینه مرمت و حفظ این آثار ملی را فراهم كنند. مساعدتی كه شركت نفت برای اولین بار نیست انجام می دهد چرا كه این شركت برای اولین بار و بصورت داوطلبانه مقدمات سفر و پرداخت تمام هزینه كاوش های باستانی پروفسور گیرشمن در سال ۱۳۳۷ را فراهم گرداند.
در صورت مرمت و ثبت ملی مجموعه این كلیسا و باغ زیبای باستانی مجاور و قنات های اطراف این كلیسا بهترین پتانسیل و قابلیت را برای تبدیل شدن به موزه، مركزی پژوهشی و یا مجتمع فرهنگی- باستانی را دارا می باشد. تاریخ ما را به خاطر سهل انگاریی نخواهد بخشید و شاید فردا خیلی دیر باشد.