مسجد دو مناره در خیابان امام خمینی در بافت قدیم شهر سقز در محله میان قلعه و در دامنه تپه تاریخی نارین قلعه قرار گرفته است. بنای مسجد طبق روایات موجود به زمان شیخ حسن مولانا آباد؛ از عرفای حكیم و ریاضیدانان مشهور عصر افشاریه برمی‌گردد كه با توجه به كاشی‌كاری‌های این مسجد كه بیشتر شبیه به اواخر افشاریه و اوایل زندیه است، میتوان یقین حاصل نمود كه بنا مربوط به دوره افشاریه است و در دوره‌های بعدی مرمت شده است. این مسجد پلانی تقریباً مربع شكل دارد و در ساخت آن از مصالحی همچون خشت خام، ملات گل، سنگ‌های لاشه، آجر و چوب استفاده شده است. ورودی این مسجد كه در ضلع غربی قرار گرفته، سردرِ آجری با بافت گره‌چینی آجر و كاشی زرد رنگ دارد. بعد از ورودی یك دالان ارتباطی حدود ۳×۳/۵ متر قرار دارد كه از طریق ۹ پله میتوان به پشت بام مسجد رسید. شبستان مسجد در ضلع شرقی این دالان قرار دارد و از طریق درگاه جداگانه میتوان به آن راه یافت. در ضلع جنوبی شبستان علاوه بر محراب، دو راه ارتباطی دیگر كه به شكل محراب می‌باشند برای راه یافتن به ایوان جلوی مسجد تعبیه شده است. در ضلع شرقی ایوان، مقبره یكی از امامان جماعت مسجد به نام «سید حكیم» قرار گرفته است. حوضخانه مسجد دارای گنبدی آجری با روزنه‌های مدور می‌باشد و كف آن سنگ‌فرش است. احتمالاً حوضخانه كه محل وضوی نمازگزاران است، قدیمی‌تر از مسجد كنونی و متعلق به دوران صفویه است. در دیوارهای مسجد از كاشی‌های صابونكی با طرح سرو (درخت زندگی)، از آثار استاد علی اصفهانی برای تزئین استفاده شده است و به نظر می‌رسد كه استاد اصفهانی چند سالی در سقز سكونت داشته است.
بالای مسجد دو مناره رفیع قرار دارد و به همین دلیل این مسجد با نام «مسجد دو مناره» شهرت یافته است. در تزئینات مناره‌ها از كاشی‌ها و آجركاری‌های مُعَقِلی استفاده شده است.
در تاریخ ۳ شهریور سال ۱۳۹۱ خورشیدی بر اثر سوزاندن خاشاك و خاموش نكردن كامل آتش، بام مسجد دچار آتش‌سوزی شد كه در این حادثه متأسفانه ایوان چوبی و قسمت زیادی از بام چوبی مسجد در آتش سوخت.
