این مسجد در محله قدیمی بافق، خیابان مسجد جامع واقع شده و این اثر در تاریخ ۱۵ دی ۱۳۷۵ با شمارهٔ ثبت ۱۸۲۸ به‌عنوان یكی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است. مسجد جامع بافق كه اصطلاحاً مردم به آن مسجد جمعه هم می گویند، در دو قسمت تابستانی و زمستانی طراحی شده است.
كه در قسمت تابستانی آن شبستانی با بادگیرهای بزرگ به سبك مسجد جامع كبیر یزد در دو ردیف با پایه های محكم بنا شده كه مسقف به دو لایه بوده است كه امروزه تخریب شده و مسجد نوساز دیگری به سبك نوین بنا گردیده است. بنای مسجد چندان كهنه نیست و به عصر صفوی نمی نماید. در پیشانی ایوان و شبستان آن كاشی كاری قاجاری هست كه قسمتی از آن ریخته است. درباره مؤسس و بانی اولیه مسجد سخنان زیادی بر سر زبان هاست و مشهورترین بانی و مؤسس شخصی است بنام ملا محمد باقر كه گفته می شود مدتی امام جماعت مسجد را عهده دار بوده است.