این زیستگاه به عنوان تنها پارك ملی استان یزد در اردكان، زیستگاه گونه‌های نادر گیاهی و جانوری است اما متأسفانه این گونه‌های نادر به دلیل بی‌توجهی در معرض تهدید قرار گرفته‌اند. بخشی از منطقه حفاظت شده سیاهكوه از سال ۱۳۸۶ به بعد به پارك ملی ارتقاء یافت اما این ارتقا تاكنون نتوانسته آن گونه كه شایسته است به حفظ گونه‌های نادر گیاهی و جانوری آن كمك كند. هم‌اكنون بیش از ۷۸ هكتار از منطقه حفاظت شده سیاهكوه عنوان پارك ملی دریافت كرده است و در حال حاضر به عنوان تنها پارك ملی استان یزد مطرح است. با وجود شرایط نامساعد آب و هوایی و بارندگی اندك حدود ۵۰ میلی‌متر در سال‌های پرباران، تنوع گونه‌های گیاهی منطقه شگفت‌انگیز است. از مهم‌ترین گونه‌های گیاهی این منطقه منحصر به فرد می‌توان به درمنه، قیچ، اسكنبیل، پرند، رمس، شوره، گز، بادام كوهی، كسیدون، بنه، شور سودی، رندوك، بهوه شور، گل قاضی، كلاه میرحسن، دم عقربی و انواع گیاهان فصلی اشاره كرد. گیاهان كلاه میرحسن، دم عقربی و رندوك از جمله گونه‌های بومی منطقه هستند كه هم‌اكنون در فهرست سرخ مؤسسه تحقیقات جنگل‌ها و مراتع قرار دارند. گونه‌های جانوری این منطقه نیز در نوع خود بی‌نظیر است كه از آن جمله در گروه پستانداران منطقه می‌توان به كل و بز، قوچ و میش، جبیر، پلنگ، شاه روباه، كاراكال، تشی، خرگوش و انواع جوندگان اشاره كرد. كبك، تیهو، هوبره، زاغ بور، سارگپه پا بلند، باقرقره شكم سیاه، باقرقره گندمی، زنبورخوار معمولی و انواعی از گنجشك‌سانان از جمله پرندگان پارك ملی می‌باشند. از خزندگان این منطقه نیز می‌توان به سوسمار خار دم ایرانی، آگامای سر وزغی خاكستری، لاك‌پشت مهمیزدار و انواعی از مارها اشاره كرد.