وجه تسمیه مسجدمجتهد بزرگ كاشان ملا محمد مهدی نراقی (ملا محمد بن ابیذر) فرزند آخرش موقعی به دنیا می آید كه خودش فوت می كند، بنا به رسم آنزمان نام پدر را بر فرزند می گذارند و پس از مدتی فرزند هم مجتهد می شود و مردم كاشان به دلیل این تشابه اسمی به پدر " آقا بزرگ" و به فرزند " آقا كوچك" می گویند. محمد شاه قاجار در راه سفر به اصفهان چند روزی در كاشان اقامت و طی آن با علمای شهر و از جمله با ملامحمد مهدی (آقا كوچك) ملاقات می كند، متوجه می شود كه وی از لحاظ علمی بسیار بالا هستند به مردم كاشان امر می كند از این به بعد به وی هم آقا بزرگ بگویند و به حاج محمد تقی خانبان (حاكم وقت شهر) هم دستور می دهد تا این مسجد و مدرسه را برای ایشان بنا كرده و دختر خود را به عقد وی درآورند.پیرنشین هادر قسمت ابتدایی بنا دو سكو در دو طرف بنا برمی خوریم به نام پیرنشین، علت تعبیه این سكوها هم این بوده است كه اشخاصی كه از كوچه عبور می كنند اگر باری بر دوش دارند برای رفع خستگی بار خود را روی این سكوها قرارداده و استراحت كنند و دلیل بعدی و مهمتر ؛ افراد سالمند و پیر بوده اند تا روی آنها به استراحت بپردازند.كتیبه مالیاتیدر بالای درب ورودی مسجد (قسمت بیرونی) به كتیبه ای (لوح) سنگی برمی خوریم كه فرمان معافیت مالیاتی بنا از طرف محمد شاه قاجار است و مضمون آن از این قرار است: "به حكم محكم شاهنشاه عادل، بأذن محمد شاه قاجار خلدالله ملكه و احسانه، حجت الاسلام ملامحمد مهدی نراقی به موجب فرمان مبارك مقرر آمده از تكالیف دیوانی معاف شد. در سر در این مسجد 32 نوع هنر كار شده است.درب ورودی مسجدتعدادی میخ در آن به كار رفته شده كه تعداد آنها در دولنگه درب دقیقاً 6666 عدد به تعداد آیات قرآن كریم است. استفاده از این میخ ها دو علت دارد: در قدیم هنگام هجوم اقوام مهاجم ، مردم داخل مسجد پناه می گرفته اند، استفاده از این میخ ها داخل در باعث می شود تا در استحكام فوق العاده ای یافته و شخص مهاجم از بیرون به هیچ وجه نتواند با تبر در را خُرد كند.علتی كه باعث شده بعد از 180 سال در هنوز اینقدر سالم بماند، این است كه میخ بعد از مدتی داخل چوب زنگ می زند و حالت تُردی به چوی می دهد كه موریانه از آن خوشش نمی آید و به آن كاری ندارد.روی دو دستگیره در هم دو بیت شعر از سعدی نوشته شده" زیبا تر از تو در نظرم هیچ منظری / كس درنیامدست به این خوبی از دری / اول منم كه در همه عالم نیامده / دیگر نیاورد چو تو فرزند مادری".راهروهای اطراف مسجدعلت تعبیه این راهرو افراد سالمند بوده اند تا به راحتی از آن عبور كنند. قسمت بعدی برآمدگی است به نام "پاچنگ" و علت تعبیه آن هم اینست كه شخصی كه از بیرون داخل مسجد می شود از دالان های كناری عبور كند تا احترام و قداست مسجد حفظ شود.مهتابی یا زمستانه نشینهنگام زمستان از آن استفاده می شده است ، سنگ هایی در وسط آن وجود دارد كه علت تعبیه آنها تأمین نور اتاق های پایین است. جنس سنگ ها مرمر است و مرمر تنها سنگی است كه نور از آن عبور می كند. مسجد آقا بزرگ تنها مسجد پنج طبقه دنیای اسلام است.سبك به كار رفته در این مسجد گودال باغچه بوده و مزایای اصلی استفاده از این سبك عبارت است، ضد زلزله شدن بنا، استفاده از مصالح برداشته شده از كف در دیوارها و طاق ها به عنوان خشت و گل.شبستانبه محض ورود به داخل شبستان هر مسجدی اولین قسمتی كه توجه ما را به خود جلب می كند "قبله و محراب"، شبستان مسجد آقا بزرگ بر خلاف بقیه مساجد و پیرو اصل رعایت تقارن توسط معمار؛كنار شبستان بنا شده است (نه در وسط).جهت قبله ی محراب با عبارت " یا قاضی الحاجات" مشخص شده است . اطراف محراب كتیبه ای با خط ثلث (سوره های شمس و اعلی) و از جنس ساروج وجود دارد . بالای محراب هم برای انعكاس بیشتر صدای پیش نماز در كل مسجد كانالی تعبیه شده است.قسمت زیر گنبد (مقصوره)معماراین قسمت را با چهار ضلع سپس 8 و 16 آغاز كرده تا به دایره رسیده و نهایتاً دایره ها را به شمسه ای رسانده كه در معماری نشانه احدیت و یگانگی خداوند متعال است. فضای داخلی گنبد با كتیبه ای از سوره فتح تزئین شده است.گنبد این مسجد نیز سه لایه است. بیشترین محیط دایره برای گنبد 50 متر و ارتفاع نوك گنبد از سقف مسجد حدود 18 متر است.حیاط برف اندازحیاطی است در قسمت انتهایی بنا جهت تخلیه برف های گنبد، در وسط آن چاهی تعبیه گردیده تا برف ها به مرور آب شده و از طریق آن تخلیه شوند. نحوه برف روبی بام مسجد نیز در نوع خود جالب بوده است. زنجیری به نوك گنبد متصل بوده و با گردش زنجیر، برف نشسته بر فضای بیرونی گنبد تراشیده و به حیاط برف انداز ریخته می شده است.زیر حیاط برف انداز چاهی قرار دارد كه بین مردم كاشان به چاه امام زمان معروف است و مردم برای برآورده شدن حاجاتشان در كنار این چاه نماز می خوانند و عریضه داخل چاه می اندازند.حیاط های اطراف شبستان تقارن ندارند یكی مسقف و محصور و دیگری بدون سقف و از 4 طرف آزاد است. در توضیح این عدم تقارن باید بگوییم كه زمان ملامحمد مهدی صاحب اولیه دو حیاط قرینه ی هم بوده اند ولی بعد از مدتی فرزند ملا محمد مهدی اطراف یكی از آنها را پوشانده و مسقف می كند و شبستان مسجد را به آنجا انتقال می دهد.در قسمت چپ محوطه حیاط اصلی (از درب ورودی) مقبره ای می بینیم متعلق به خاندان نراقی كه فرزند و نبیره و فرزند نبیره ی ملا محمد مهدی (شهید علی) در آن خاك هستند. خود ملامحمد مهدی در قم و پدرش (ملا محمد مهدی بزرگ) در صحن صغیر حضرت علی (ع) در نجف مدفون است.در این مقبره از درهای " اُرُسی" ( عمودی باز شو ) استفاده شده كه در آنها هنر گره چینی زیبایی را می توانیم رویت كنیم. بنای مسجد و مدرسه آقا بزرگ مجهز به دو عدد بادگیر هم است. همچنین در این مسجد تاكنون چند فیلم و مجموعه تلویزیونی و سینمایی هم ساخته شده كه مشهورترین آنها : طوقی، عیاران و ملاصدرا است.