آستان امامزاده رقیه خاتون (س)، در دامنه ارتفاعات كوهستانی مشرف بر باغشهر نطنز، در نزدیكی مناطق مزرعه خطیر و شهرینان و پس از محله دشتی علیاء قرار گرفته و از چشم انداز بسیار زیبایی برخوردار است. رقیه خاتون (س) دختر امام موسی كاظم (ع) است و به نقل از ریش سفیدان این بانو و همراهانشان در راه فرار از ظلم دشمنانی كه در پی ایشان بوده اند به این منطقه پناه آورده اند. محوطه بیرونی آن نیز میزبان شهیدان جنگ ایران و عراق است.
بنای قبلی حرم با قدمت حدود هفتصد سال، از جنس خشت و گل با پوشش داخلی گچ و نمای سنگی و آجری، نشان از میراث با ارزش گذشته داشته و اكنون جای خود را به بنایی با پلان معماری مربع شكل و متقارن و گنبدی مدور و دوپوش با پوششی نقره ای رنگ داده است. فضای داخلی آن با معماری زیبا و دلنشین خود، شامل آینه كاری و كاشیكاری های رنگارنگی است كه محیط روح نوازی را برای زیارت، نیایش و آرامش زائران پدید آورده است. ضریح فلزی این بقعه نیز با لوح زیبایی از زیارت نامه حضرت رقیه خاتون، اثر هنرمند محبوب نطنزی، عباس دهقانیان مزین گردیده است. مساحت صحن زیارتگاه حدود ۱۰/۰۰۰ متر مربع می باشد و مساحت زیربنای حرم ۵۰۰ متر مربع است. ارتفاع گنبد دوپوش زیارتگاه از كف ۲۲ متر است. در داخل بقعه و حرم ضریحی فلزی در ابعاد ۲/۵×۳/۵ روی سنگ امامزاده قرار گرفته است. در اطراف ضریح ۸ ستون كاشیكاری شده قرار دارد كه در انتهای ستونها تا سقف به صورت هنرمندانه ای آینه كاری گردیده است. ساختمان امامزاده تا سال ۱۳۵۱ بنایی با مصالح خشت و گل بوده كه به همت هئیت امناء، خیرین بنای قدیم تخریب و بنای جدید جایگزین بنای قبل آن گشته است.
محوطه بیرونی امامزاده با توجه به وجود باغات اطراف آن علاوه بر فضای معنوی و زیارتی از محیط گردشگری نیز برخوردار است. همچنین بهترین مكان برای تماشای مناظر شهر محسوب می گردد و طبیعت كوهستانی باغشهر تاریخی نطنز را به رخ بازدید كنندگان می كشاند. دامنه كوههای امامزاده رقیه خاتون از صبح تا غروب پذیرای خورشید است. نسیم فرح بخش صبحگاهی و شامگاهی با وزش دلنواز خود، جان زائران و گردشگران را تازه می كند. مجاورت شهر نطنز با آزاد راه تهران-اصفهان و محیط سرسبز و كوهستانی امامزاده از عوامل جذب گردشگر است.
