به استناد متون كهن تاریخی و بررسی های انجام شده گنبد خانه پیش از ابنیه دیگر توسط اعقاب سلطان سنجر سلجوقی به سال ۶۳۳ ه.ق پایه ریزی شد و به همت غیاث الدین محمد ابوبكر كرت (متوفی ۶۴۳ ه.ق)توسعه یافت. فضای داخلی گنبد خانه با نقاشی های رنگارنگ و زیبا روی گچ زینت یافته و تاریخ ۷۶۳ و۷۷۱ ه.ق بر انتهای كتیبه ها حكایت از مرمت و بازسازی بنا دارد. ساختار معماری گنبد خانه یادآور طرح مقبره سلطان سنجر در مرو است.گنبد بنا نیز با تلفیقی موزون از سه كنج و چهار تاقنمای هشت ضلعی ایجاد شده كه سطح زرین آن با تزئینات كاربندی پوشش یافته است.