مسجد جامع خرمشهر از قدیم یكی از مراكز اصلی شهر خرمشهر بوده، به طوری كه هنوز نیز این مركزیت را پس از پایان جنگ ایران و عراق و تخریب كامل شهر خرمشهر و بازسازی دوباره آن حفظ نموده‌است. در مقابل این مسجد بازارچه بزرگی وجود دارد كه اصناف گوناگون در آن به كسب و كار مشغول هستند.
پس از آغاز جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ ه.ش شهر خرمشهر به دلیل نزدیك بودن به مرز شلمچه، یكی از اولین نقاطی بود كه مورد حمله ارتش بعثی عراق قرار گرفت. مدافعان این شهر كه اغلب از مردم بومی و تعدادی دانشجو بودند، توانستند با حداقل امكانات نظامی به فرماندهی محمد جهان آرا كه در آن زمان فرماندهی سپاه پاسداران خرمشهر را بر عهده داشت با سلاح‌های سبك خود و با استفاده از موقعیت آشنایی با منطقه، مدت ۳۵ روز در مقابل ارتش عراق مقاومت كنند و سرانجام در تاریخ ۴ آبان ۱۳۵۹ ه.ش آخرین مدافعان شهر نیز به خاطر فشار زیاد ارتش بعثی عراق و كمبود سلاح و تجهیزات مجبور به عقب نشینی از شهر گردیدند. خرمشهر پس از ۵۷۸ روز (۱۹ ماه) اشغال توسط ارتش بعثی عراق، در تاریخ۳ خرداد ۱۳۶۱ ه.ش با حمله نیروهای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، ارتش جمهوری اسلامی ایران و نیروی مقاومت بسیج، طی چهار مرحله عملیات نظامی با عنوان عملیات بیت المقدس پس از محاصره خرمشهر، بازپس‌گیری شد.
مسجد جامع خرمشهر یكی از تنها ساختمانهایی بود كه در این شهر، پس از بازپس گیری به صورت نیمه سالم باقی مانده بود و همچنین چون این مسجد در زمان مقاومت [قبل از اشغال] مركز فرماندهی و تداركات و گردهمایی مدافعان شهر بود، لقب نماد مقاومت را به خود گرفت كه در حال حاضر نیز بین بازماندگان جنگ و علاقمندان به تاریخ جنگ ایران و عراق به همین عنوان شناخته می‌شود.
