كنیسه تاریخی ملا آقا بابا ملا حیدر مربوط به دوره قاجار است و در شهر یزد، خیابان مسجد جامع كبیر، محله چهار سوق واقع شده است و این اثر در تاریخ ۲۵ اسفند ۱۳۷۹ با شمارهٔ ثبت ۳۶۱۶ به عنوان یكی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است و این بنا از تاریخ ثبت تحت نظارت این سازمان می باشد.
قدمت این بنای تاریخی مربوط به دوران قاجاریه می باشد و این كنیسه مشتمل بر یك حیاط به نام تابستانخانه و یك فضای سر پوشیده با نام زمستانخانه است.چهار بدنه حیاط به قرینه سه صفه با پوشش ضربی بنا شده و ارتفاع دیوارها تا یك متر با آجر پوشیده شده است.
