موزه مردم شناسی و باستانشناسی شوشتر شامل دو بخش باستانشناسی و مردم شناسی است كه در زیر زمین خانه مستوفی و طبقه بالای آن قرار دارد بخش باستانشناسی شامل اشیائی از دوره عیلامی، هخامنشی اشكانی،ساسانی و دوره اسلامی است.انواع مهرها،پیكرك ها ظروف سفالی و لعابدار و….. بخش باستانشاسی موزه را تشكیل می دهد. بخش مردم شناسی شامل نمایش جلوه های زندگی سنتی مردم شوشتر و بعضی از فنون و حرف قدیمی شوشتر مانند طلا سازی ،حلاجی،ملحفه بافی و همچنین نمایش اسناد تجاری اواخر دوره قاجار از بخش های قسمت مردم شناسی موزه می باشد.