این غار مهم ترین غار منطقه به حساب می آید كه در بیدگل واقع است و از طریق فارسان قابل دسترسی می باشد. این غار مسیر باریك و درازی داشته و در میان آن دریاچه زیبایی وجود دارد. در نزدیكی این غار چشمه ای از داخل زمین می جوشد. غار آقا سید عیسی نیز مانند پیرغار دارای اهمیت مذهبی بوده و مورد احترام اهالی منطقه است.
از شهركرد به سمت فارسان و سپس بیدكل حركت می نمایید بعد از پیمودن مسافتی حدود ۴۸ كیلومتر از شهركرد به جاده ای فرعی وخاكی می پیچید، در ابتدای این جاد دهانه حفره ای كه معمولا اشكفت نامیده می شود خودنمایی می كند ولی این دهانه غار آقا سیدعیسی نیست، اندكی كه در جاده پیش بروید و تقریبا كوه را دور بزنید ، دو راهی وجود دارد آنرا به سمت چپ بروید در انتهای راه سمت راست و پایین تر از جاده آلاچیق های بزرگی خودنمایی می كند و كمی جلوتر دقیقا در انتها مسیر خاكی می توانید دهانه ی غار آقا سید عیسی را مشاهده نمایید.
غار سید عیسی یكی از غارهای مذهبی استان می باشد و در ابتدای مسیر می توانید نشانه های بسیاری را مشاهده نمایید ، مانند باقی مانده شمع ها ، دخیل ها ، عكس امامان و دعاهای مختلفی كه می توانید مشاهده كنید. به همین دلیل ورودی غار دارای پلكانی دست ساز می باشد و به راحتی می توانید وارد شوید.
این غار بصورت دو طبقه می باشد كه در ابتدا از دهانه بصورت یك دالان مستقیم كه تقریبا هیچگونه فرعی ندارد تا انتهای یك چاه كاملا عمودی پیش می رود كه پس از رسیدن به این چاه یا دالان عمودی، درصورتی كه از گازهای سمی خبری نبود می توانید حدود ۶ الی ۷ متر به صورت دست به سنگ بالا بروید تا به طبقه دوم برسید و ادامه پیمایش را درپیش گیرید. (تذكر این نكته الزامی است كه بخصوص در طبقه دوم مواظب گازهای سمی باشید). در زمان هایی كه گازهای سمی در این غار زیاد می شود به شدت باعث مردن خفاش های درون غار می شود كه با دقت بر سطح آب می توان لاشه های آنها را ملاحظه نمود. مواظب آلودگی ها باشید
آقا سید عیسی از علما و فضلای بزرگ زمان خود بوده است. آقا سید عیسی مشهور به سید صوفی و صاحب حالات صوری و معنوی و دارای كشف و كرامات بوده است. ایشان در علم جبر و اعداد نیز دست داشته اند. اكثرا منزوی بوده و معتكف می شدند. ایشان در بورجان (یكی از توابع لرستان) مدفون است. در زمان ظل السلطان ایشان به شهادت رسیده اند.
