روستای هویه در شمال شهرستان فلاورجان و ده كیلومتری جنوب غربی شهر اصفهان با جمعیتی معادل ۴۰۰۰ نفر یكی از قدیمی‌ترین روستاهای این استان به‌شمار می‌آید.سز فتح بابل، در سال ۵۳۸ قبل از میلاد و پایان اسارت قوم یهود، عده‌ای به وطن بازگشتند و برخی در بابل ماندند و به شغل تجارت پرداختند. بین سالهای ۵۳۵ تا ۵۲۴ قبل از میلاد مهاجرتهای بزرگی از جنوب بابل به شوش و اهواز و پاسارگاد و اكباتان صورت گرفت و چون پادشاه ایران پیوسته از قوم یهود طرفداری می‌كرد این قوم بیشتر در نزدیكی‌های مقرّ حكومت شاهان ایران مانند استان فارس، استان همدان و حوالی تخت جمشید كه در دوران هخامنشیان پایتخت ایران بوده زندگی می‌نمودند، و به احتمال قوی یهودیان اصفهان نیز از همین مناطق به اصفهان آمده‌اند.
پیش بینی می‌شود گروهی از مهاجران یهود قبل از ورود خود به اصفهان این محل را كه از حیث موقعیت جغرافیایی و نیز حاصلخیزی برتر بود به عنوان خانه ی خود انتخاب كرده باشند. در منابع شفاهی كه سینه به سینه و نسل به نسل منتقل شده اند گفته می‌شود كه این مهاجرین از نوادگان حضرت یعقوب(ع) بوده كه به این سرزمین كوچ نموده اند و پس از ورود به این محل در ضلع جنوبی آن و در شمال قبرستان كنونی، خانه‌های خود را بنا كرده‌اند. این خانه‌ها در سالهای متمادی در اثر زلزله یا حوادث طبیعی از بین رفته و دیگر اثری از آنان باقی نمانده‌است. نام هویه برآمده از نام گروهی از اولین یهودیان بوده كه آن را در ابتدا یهودیه می نامیدند و سپس به هویه تغییر نام یافته‌است.
در كاوش‌های باستانشناسی در محل قدیمی قبرستان روستا، گونه‌هایی از ظروف كشف گردیده كه قدمت آن حداقل به ۱۰۰۰-۱۲۰۰ سال قبل و پیش از حمله اعراب بر میگردد و موید این مطلب هستند. همچنین كشف گورهایی به صورت ایستاده، سنگ نبشته‌های به خط عبری و دیگر آثار بدست آمده از این روستا، وجود تمدن را در زمان ورود یهودیان به این سرزمین به اثبات می رساند.
در زمان ورود اسلام و حمله اعراب به ایران، نام روستا از یهودیه به هویه تغییر می یابد. در آن زمان تعداد ساكنین این محل بسیار كم بوده‌اند. این وضع تا زمان حكومت صفویان رواج داشته‌است. نقطه عطف تاریخ هویه به زمان حكومت صفویان و قاجار باز میگردد. در آن زمان مردی به نام میرزا بوجار از منطقه معروف به سه ده اصفهان به این مكان كوچ كرده و در این محل سكنی می گزیند. در حال حاضر بیشترین ساكنان روستا از نوادگان میرزا بوجار معروف هستند
در حال حاضر اهمیت این روستا بدلیل وجود كبوتر خانه های زیبا می باشد.
