مسجد حاج شیخ جعفر شوشتری ،در ضلع جنوبی بافت قدیم شوشتر ودر محله میدان شیخ و در كنار حسینییه شیخ و منزل حاج شیخ جعفر شوشتری قرار دارد این مسجد جزو زیباترین مساجد شوشتر از لحاظ تزینات معماری می باشد.بنابر تزئینات كاشی كاری معقلی پیشانی ایوان مسجد، سال ساخت یا تعمیر مسجد ۱۲۰۲ ه ق معرفی شده است . در گذشته در كنار بنای فعلی مسجد خانقاه پیر اسماعیل قصری ومزار آن قرار داشت كه در دوره قاجاریه بدلیل از بین رفتن فضای این خانقاه، مسجد برروی آن ودر كنار مزار پیر اسماعیل قصر توسط حاج شیخ جعفر شوشتری برپا گردیده است . مسجد دارای شبستانی بسیار زیباست به طوری كه سقف شبستان با تزئینات گچبری و آجر كاری به زیبای هرچه تمام تر آراسته گردیده است . شبستان مسجد دوطبقه می باشد درپیشانی این شبستان تزئینات كاشی كاری معقلی به همراه دو گلدسته نسبتا بزرگ وجود دارد این گلدسته ها چندین بار بر اثر زلزله خراب و دوباره مورد بازسازی قرار گرفته اند آخرین باری كه مورد مرمت قرار گرفته اند در سال ۱۳۸۳ هجری شمسی بوده است. در كنار ایوان اصلی دو گوشواره كه مسیر دسترسی به بام مسجد هستند قرار دارد. در ضلع غربی حیاط مسجد وضو خانه ومزار پیر اسماعیل قرار گرفته كه دارای سقف نسبتا كوتاهی است.