این بنا در محله پشت قلعه كنگاور واقع است. بنای اصلی مسجد بر اثر زلزله سال ۱۳۳۶ شمسی به كلی ویران گشت و بنای جدید جایگزین آن شد. بنای شبستان قدیمی كه از شبستان فعلی كوچكتر بوده، مستطیل شكل بوده و ۱۸ فیلپای چهارگوش به ابعاد هر ضلع ۱ متر در سه ردیف شش عددی در میان آن بوده است. برروی فیلپاها و اضلاع جانبی، طاق های جناغی و سپس بر روی آنها، طاق های قوسی دو پوسته زده بوده اند . حد فاصل دیوارغربی و فیلپاهای غربی ، شبستان زنانه واقع است كه به وسیله پنجره های چوبین مشبك، از بخش مردانه مجزا می شده است . بخش زنانه، ۱۲۵ سانتی متر از بخش مردانه مرتفع تر و در ورودی آن از كوچه مجاور ضلع غربی مسجد بوده است . در وسط ضلع شرقی صحن مسجد، یك مدرس بوده كه در دو طرف آن و همچنین ضلع غربی، حجره هایی با صفه ای در جلوی هر یك ساخته بوده اند . طاق مدرس و صفه ها و حجره ها جناغی بوده است . در دیوار كفشكن، سنگ نوشته ای در خصوص وقف به مدرسه كنگاور از طرف فرج الله افشار به تاریخ ۱۲۴۳ه-. ق نصب شده است .