معبد مهر ورجوی كه باید آن را در ردیف یكی از نخستین سكونتگاه‌ها و معابد بشر پیش از تاریخ محسوب كرد از تاریخ ناگفته مراغه حكایت دارد. این معبد در زیر یك گورستان تاریخی قرار داردو با خاك‌برداری، بخش‌هایی از آن، خود را نمایان كرده، اما همچنان بخش عمده‌ای ازآن در زیر خاك قرار دارد.
معبد “مهر” نیایشگاه زیرزمینی ومحل پرستش خورشید و برگزاری آیین مهرپرستی در جنوب روستای ورجوی مراغه به صورت زیرزمینی و صخره‌ای بنا شده‌است. پیروان آیین مهر، آن را با تراشیدن قطعه سنگی عظیم از جنس شیست با دهانه‌ای به عرض ۵/۴ متر به وجود آورده‌اند.این بنا را از نظر حجم كار و دقت هنرمندانی كه در امر حجاری آن دخیل بوده‌اند می‌توان جزء نمونه‌های ارزنده ستایشگاه‌های كهن دانست.
مراغه شهری كه روزگاری مركز اسكان تمدن‌های بزرگ انسانی بوده و اكنون فراموش شده میراث داران ایشان است.برای آشنایی با تاریخ مراغه نمی‌توان از آثار بسیار كهن مهرابه‌های مراغه به سادگی گذشت. مهرابه‌ها نیایشگاه‌های مهرپرستان در دنیای باستان بوده‌است . مهرپرستی دینی ایرانی بوده كه پرستش خورشید از اجزای اصلی آن به شمار می‌رفته‌است. دینی كه از ایران در دوره‌ای نیز به اروپای غربی رخنه كرد.اما اكنون از مهرابه‌های كهن در این شهر تنها معبد مهرو معابد (غارهای ) اطراف رصدخانه مراغه به یادگار مانده‌است و بس . گرچه اكنون از معبد مهرجز نامی و نشانی دیگر چیزی باقی نمانده؛ اما كماكان نشان از تاریخچه بسیار غنی این سرزمین تاریخی دارد. مهر یا میترا خدایی بوده كه پرستش او در غرب تا شمال انگلستان و در شرق تا هند، هزاران سال رواج داشته‌است و هنوز هم مورد احترام زرتشتیان است. پیروان مهر او را فرشته مهر و دوستی و عهد و پیمان و مظهر فروغ و روشنایی می‌پنداشته‌اند. آنها بر این عقیده بودند كه مهر در غاری متولد شده‌است از این‌رو هر جا غاری می‌یافتند، در آن به پرستش و نیایش مهر می‌پرداختند و آن مكان را «مهرابه» می‌گفتند.
این معبد به عنوان یكی از كامل‌ترین پرستشگاه‌های تاریخی ایران، در دوره اسلامی یعنی زمانی كه ایلخانیان بر ایران پارسی حكومت می‌كردند دستخوش تغییراتی شد تا نشانه‌هایی از اسلام اكنون بر تن این معبد به یادگار بماند و صدالبته این نشانه‌ها اكنون به دلیل اهمال مسوولان امر با تیشه و چكش غارتگران میراث ایرانی بیشتر آشنا هستند تا ضربه مرمت استادكاران آثار تاریخی برای حفظ این یادگار كهن ایرانی.
یافته‌های باستان‌شناسی وجود تمدن اوراتورها و ماد در آذربایجان بزرگ كه مراغه جزیی لاینفك از آن است را به اثبات رسانیده و اینك «مهر» این معبد ناشناخته و پنهان مانده از انظار مردم و مسوولان كه نخستین داده‌ها نشانگر پیش از تاریخ بودن این معبد می‌باشد، می‌تواند با بررسی‌های مجدد دیرینه شناختی و اتنومولوژی وجود تاریخ و شكل گیری نخستین تمدن‌های بشری در آتروپاتكان را هزاران سال به گذشته باز گرداند.
معبد مهر، گویا استوانه‌ای است كه تاریخ در دورن آن دوران داشته و اكنون با زبان بی‌زبانی روایتگر نخستین سكونتگاه‌هایی است كه در فلات ایران شكل گرفته‌اند. جای جای كلنگ‌هایی باقی مانده بر روی سنگ‌ها، محراب‌ها و امامزاده‌ای كه به روایت تصاویر تا ۷۰ سال پیش موجود بوده و اكنون به یمن جهالت به میراث پدری، از بین رفته‌است. آیات حكاكی شده قرآن بر روی سنگ و تنها كلمه ” الله ” كه به حرمت قداستش از تخریب بازمانده، اكنون تاریخ را برایمان بازگو كرده و روایت ظلم و جوری را كه بر آثار تاریخی مراغه سایه افكنده، با زبان بی زبانی روایت می‌كنند. آنها می‌خواهند فریاد بزنند كه مغولان ساختند و شما ویران كردید!
در این میان میراث فرهنگی نیز در عملكردی ناشیانه در بخشی از این بنای سنگی؛ با سازه فلزی و آجر مرمت‌هایی را انجام داده كه به همراه انباشت زباله‌ها هر بازدیدكننده‌ای را متأثر می‌سازد. غارتگران آثار فرهنگی نیز بیرحمانه، سنگ‌های تاریخی گورستان را كنده و به جای دیگری منتقل می‌كنند.
این معبد هم اكنون به دلیل ساخت و سازهای انجام گرفته در اطراف آن و نیز نفوذ آب‌های سطحی به داخل آن در حال تخریب است.
طبق تحقیقات و بررسی‌ها معلوم شده كه در این معبد آرامگاه یكی از علمای بنام و با تقوی مراغه یعنی آخوند ملا معصوم مراغه‌ای قرار دارد كه بعد از وفاتش در این معبد دفن شده‌است.
