بنای اولیه مسجد جامع نایین را به عمربن عبدالعزیز، خلیفه هشتم، امویان كه در دوران خلافتش از۹۹ تا ۱۰۱ بوده است، نسبت داده‌اند. مسجد جامع نایین را از آثار نیمه دوم قرن سوم هجری قمری دانسته‌اند. پروفسور پوپ ساختمان مسجد را به سال ۳۵۰ هـ.ق و آندره گدار فرانسوی آن را به حكومت دیلمیان منسوب می‌كنند. اطراف آن منزل پیرنیا و نارین قلعه (نارنج قلعه) است كه قدمتش به دوره قبل از اسلام، حدود اشكانیان و ساسانیان می‌رسد و اكنون تل خاكی بیش از آن باقی نمانده است. به سبك مسجدهای عربی ساخته شده است این مسجد یك مناره دارد و گنبد آن یك پوسته است.
مسجد جامع نایین از معدود مساجد اولیه شبستانی است كه كمتر دستخوش تغییر و تحول شده و صورت اولیه خود را تا امروز حفظ كرده است. ساختمان اولیه مسجد در قرن دوم هجری قمری احداث شده كه شامل قسمت زیادی از مسجد فعلی بوده است. مناره مسجد نیز، با توجه به نوع تزیینات زیر نعلبكی آن، از آثار دوره سلجوقی است.
در قرن هشتم هجری قمری، شبستان قبلی مسجد را با احداث سقف‌های كمرپوش در قسمت‌هایی از آن دو طبقه كردند.
سردر اصلی این مسجد در شمال شرقی صحن مسجد واقع شده است. صحن مركزی مسجد وسعت زیادی ندارد و به شكل چهارضلعی بنا شده است. این صحن در سه طرف شرقی، جنوبی و غربی خود دارای چهلستون‌هایی است كه مداخل بلند آنان مشرف به صحن است. نمای داخلی چهلستون‌ها دارای تزئینات آجری ساده است اما در مرمت‌های دوران بعد بیشتر بخش‌های آنها با گچ ساده پوشیده شده است. نمای اطراف صحن همچنان با آجرهای ساده‌ی برجسته تزئین شده به گونه‌ای كه تزئینات مسجد جامع نائین شباهت فراوانی به سردر مسجد جورجیر اصفهان پیدا كرده است.
ساختمان های ضلع شمالی از كف صحن اندكی مرتفع‌تر است و از ایوان‌های كوچكی تشكیل شده كه داخل آنها با آجرهای برجسته تزئین شده است. مناره آجری مسجد كه در زاویه جنوب شرقی صحن اصلی واقع شده است، در حدود ۲۸ متر ارتفاع دارد و ساختار معماری آن تفاوتهای بسیاری با ساختار مناره‌های دوران سلجوقی در اصفهان دارد.
در زیر صحن مسجد شبستان وسیعی وجود دارد كه دارای ستون‌هایی از جنس گل رس طبیعی است كه از نورگیرهایی كه در سقف تعبیه شده است روشنایی آن تامین می‌گردد. این شبستان به منزله سرداب وسیعی بوده كه در ایام تابستان مورد استفاده قرار می گرفته و دارای دو مدخل ورودی بوده كه به وسیله پله‌هایی از صحن مسجد جدا می شود.
مهمترین فضای مسجد شبستان‌هایی هستند كه به صورت عمیق در سه طرف صحن قرار گرفته‌اند. مهمترین و بزرگترین شبستان در جبهه قبله واقع شده است. تقریبا در وسط شبستان محراب ساخته شده است. این محراب در امتداد محور تقارن صحن مسجد قرار دارد.محراب این مسجد در چهلستون جنوبی قرار گرفته و دارای تزئینات گچبری بسیار زیبایی است. كتیبه منبر منبت‌كاری شده مسجد مربوط به سال ۷۱۱ است. بر كتیبه در چوبی مسجد، تاریخ ۷۸۴ دیده می‌شود.
نائین یكی از شهرهای استان اصفهان در مركز ایران و مركز شهرستان نائین است. این شهر در منطقه دشت كویر قرار گرفته است و آب و هوایی خشك و كویری دارد.علاوه بر زبان فارسی، بسیاری از مردم محلی به گویش نائینی هم صحبت می‌كنند كه گویشی از زبان‌های ایرانی مركزی است.
