این كلیسا كه به نام زادگاه حضرت عیسی مسیح بیت اللحم یا اورشلیم نامگذاری شده است جنب میدان بزرگ واقع در خیابان نظر محله جلفای اصفهان،در مجاورت كلیسای حضرت مریم مقدس، در سال ۱۶۲۸ میلادی توسط خواجه پطرس ولیجانیان، تاجر نامی روزگار صفوی بنا گردید. كلیسای بدخهم دارای ساختمانی مرتفع و با شكوه است و صاحب بزرگترین گنبد در میان كلیساهای جلفای اصفهان میباشد. پلان كلیسا مستطیلی شكل با سمت شرق به غرب است كه از نوع تالارهای گنبد دار معماری ارمنی بوده ولی نمای خارجی آن نمایانگر سبك معماری ایرانی است. كلیسای بدخهم دارای گنبدی دو لایه است كه تمامی سطح داخلی آن با آب طلا تزئین شده است.
بر روی گنبد هشت نورگیر تعبیه شده است و خود گنبد توسط چهار قوس كه به چهار ستون بزرگ متصل است به دیوارهای شمالی و جنوبی بنا اتكا دارد. سمت غربی بنا دارای ایوانی دو طبقه است كه ورودی اصلی كلیسا در این سمت قرار دارد. در بالای قسمت داخلی ورودی اصلی بالكنی قرار دارد با پلكانی در سمت جنوبی ورودی، ورودی دوم كلیسا در قسمت جنوبی آن واقع است. محراب كلیسا كه در قسمت شرقی بنا قرار دارد دارای دو اطاقك مستطیلی شكل در دو سوی آن میباشد. مصالح بكار رفته در بنای این كلیسا خشت و آجر است.
دیوارهای داخلی این كلیسا كه با گچ اندود شده است پوشیده ازنقاشیهای آبرنگ با موضوعاتی برگرفته از كتاب مقدس انجیل است. تزئینات داخلی كلیسا از كاشیهای هفت رنگ با زمینه نیلی و آبی است، دیوارها و گنبد كلیسا از تزئینات و نقاشی رنگ روغن زیادی بهره برده است ، تصاویر نقاشی شده بسیاری كه گویای داستانهایی از كتب عهد عتیق و جدید میباشد وجود دارد. در گوشه سمت چپ قسمت فوقانی تصویر بهشت و تصویر خود خواجه پطرس نقاشی شده است. كلیسا در سال ۱۸۵۰ میلادی با خطر تخریب مواجه شد ولی در سال ۱۸۷۰ بوسیله هوان جان الیازیان مرمت و بازسازی شده و باین ترتیب از ویرانی نجات یافت. برج ناقوس در سال ۱۸۹۷ میلادی در بالای در ورودی باختری كلیسا ساخته شد. در حیاط كلیسا سنگ قبرهای بسیاری وجود دارد. از جمله آنها سنگ قبر خواجه پطرس و افراد خانواده او كه تعدادی از این سنگ قبرها همراه با حیاط شمالی كلیسا به علت تعریض خیابان جانبی آن در سال ۱۹۳۶ میلادی به خیابان نظر منضم گردید. در سال ۱۹۷۰ به علت عبور ماشینهای سنگین از خیابان نظر گنبد كلیسای بدخهم ترك برداشت كه به موقع توسط سازمان فرهنگ و هنر مرمت گردید.
این كلیسا در شهرستان اصفهان، خیابان شرقی، میدان بزرگ جلفا واقع شده و این اثر در تاریخ ۱۷ اسفند ۱۳۸۱ با شمارهٔ ثبت ۷۶۴۳ به‌عنوان یكی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
كلیسای بیت لحم یكی از كلیساهای نسبتاً بزرگ شهر اصفهان است. این كلیسا بسیار نزدیك به كلیسای هاكوپ و كلیسای مریم مقدس و در شمال این دو كلیسا قراردارد. كلیسای بیت لحم در زمان حكومت صفویه و توسط شخصی به نام خواجه پطرس ولیجانیان ساخته‌شده است. خیابانی در محله جلفای اصفهان هم به نام خواجه پطرس نامگذاری شده‌است.
كتابی به نام «نگارنامه و راهنمای كلیسای بیت لحم جلفای اصفهان» درباره این كلیسا به چاپ رسیده‌است.
