كویر بهاباد یكی از مناطق كویری استان كرمان است كه از شمال با كویر ساغند، از شرق با كویر لوت و پناهگاه حیات وحش نایبندان و زا غرب با شهر بافق محدود می شود. كویر شرقی بهاباد به همراه منطقه مجاور آن یعنی نای بندان از بكرترین كویرهای ایران محسوب می شود.شكل كلی منطقه بهاباد بصورت دو سری ارتفاعات موازی در امتداد شمالغربی- جنوب شرقی كشیده شده است وبلند ترین نقطه ارتفاعی آن در كوههای آسفیچ ( ۵/۵ كیلومتری جنوب جعفرآباد ومرز مشترك بااستان كرمان) با ارتفاع ۳۰۶۹ مترو پست ترین نقطه آن با ارتفاع ۱۰۴۵ متردر محل خروجی رودخانه شور است.
از نظر فرسایشی سنگهای بخش جنوب ,جنوب غربی وغرب منطقه بیشتری در برابر فرسایش و هوازدگی داشته به همین جهت ارتفاعات بلندی را بوجودآورده است كه محل اصلی تغذیه سفره آب زیرزمینی منطقه است.
در مقابل ارتفاعات شرقی وشمالغربی بدلیل تقابل كم دربرابر فرسایش، ارتفاع كمتری داشته وبیشتر به صورت تپه ماهور و كوههای كم ارتفاع ظاهر شده اند كه نزولات جوی آن به مراتب كمتر بوده و در تغذیه آبهای زیر زمینی هم نقش چندانی ندارند.
رود(شور) مهمترین رود منطقه است كه درحوضه آبریز دشت كویرجریان دارد و از كوههای آسفیچ وبنستان سرچشمه می گیرد و به دشت كویرمی ریزد. سطح حوضه این رود۱۶۵۰ كیلومتر مربع مساحت داشته و دارای یك ایستگاه هیدرومتری در ارتفاع۱۳۲۵ متری حوضه مباشد.
نوعی رودخانه درحوضه زهكشی اصلی ونوعی جریان آن فصلی بوده ومنبع تغذیه آن باران ، برف وچشمه سارها میباشد ومیانگین دبی سالانه آن۸۵% متر مكعب بر ثانیه است.
بخش بهاباد در منطقه كویری واقع شده و از نظر آب و هوا در ناحیه گرم و خشك با تابستانهای بسیار گرم و خشك و زمستانهای معتدل و یا سرد كم باران قرار گرفته است. وزش باد همچون سایر قسمتهای استان یزد در این منطقه هم حائر اهمیت است و بلعت وجود شنهای روان وتپه های شنی ولخت بودن دشتها و كوهستانهاباد بصورت طوفانهای سهمگین شنی میوزد وسرعت ان تا ۹۰ كیلومتر در ساعت هم می رسد.
بخش اعظم بارندگی در زمستان رخ می دهد وپس از ان با رندگیهای بهاره و سپس پائیز و بارندگی های تابستانه درمناطق پست صفر و در مناطق مرتفع هم بسیار ناچیزاست.
