مدرسه بالاسر از مدارس ساخته شده در دوره تیموریان است و در شهر مشهد، بالای سر حرم امام رضا (ع) واقع شده به همین دلیل به این نام شهرت یافته. این مدرسه در سال ۱۰۹۱ در زمان شاه سلیمان ترمیم شده است.
مدرسه بالاسر مشهد از جمله مدارس زمان دوره تیموریان است. مدرسه بالاسر از كهنسال ترین مدارس در شهر مقدس مشهد محسوب می شود. قدمت مدرسه بالاسر در حدود ۸۳۶ سال می باشد. این مدرسه از شرق به صحن قدیم حرم مطهر رضوی و از غرب به مدرسه پریزاد و از جنوب به بالای سر حضرت متصل می باشد. به همین خاطر به بالاسر شهرت پیدا كرده است.
درباره متولیان اولیه مدرسه بالاسر مشهد اختلاف نظر وجود دارد. برخی بر این باورند بنیانگذار این مدرسه شاهرخ تیموری بوده ، به همین دلیل مدرسه بالاسر به مدرسه شاهرخی نیز شهرت دارد. از دیگر متولیان كه از اوایل قرن سیزده هجری قمری مدرسه را به وراثت دارند خانواده روحانی علم الهدی است كه هم اینك حاج سید علی علم الهدی متولی این مدرسه است. مدسه بالاسر ، هم زمان با مدارس دودر و پریزاد ساخته شده است.
مدرسه بالاسر دارای صحنی با چهار ایوان می باشد. این مدرسه برای سكونت مهمانان و طلاب،۲۱ حجره در دو طبقه دارد. سطح درز و شكاف اتاق و ایوان ها با كاشی های هفت رنگ با طرح های اسلیمی و ختایی تزیین شده است. چهار پله در چهار گوشه دیوار طبقه اول و دوم را به هم متصل می كند.
در ایوان ورودی مدرسه بالاسر مشهد اشعاری به خط ثلث دلالت بر تاریخ مرمت مدرسه به چشم می خورد. تعداد طلاب مدرسه بالاسر نزدیك به هفتاد نفر بوده است. در نوشته وقف نامه مدرسه ، شرط سكونت و تحصیل طلاب بیان شده است. در شمال شرقی مدرسه آرامگاه ابوالقاسم بایسنقر پسر شاهرخ قرار دارد. ورودی مدرسه در سمت شرقی بازار زنجیر قرار گرفته است. مدرسه بالاسر به علت فرسودگی ساختمان بعد از سال ها كه محل جمع آوری زباله صحن های حرم مورد استفاده قرار گرفته بود در سال ۱۲۰۳ هجری قمری توسط حاج میرزا جواد مورد تعمیر و بازسازی قرار گرفت. هم اكنون به خاطر گسترش حرم امام رضا(ع) از مدرسه اثری نیست و جزء رواق دارالولایه قرار گرفته است.
مدرسه بالاسر مشهد در تاریخ ۲۰ بهمن ۱۳۱۸ با شماره ثبت ۳۳۴ به عنوان یكی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
