مسجد ملا اسماعیل درسال ۱۲۲۲ق. به دستور«آخوندملااسماعیل عقدایی» درعهد سلطنت فتحعلی شاه قاجار ساخته شده است. پس از پیروزی انقلاب این مسجد بعنوان میعادگاه نماز جمعه درنظر گرفته شده است.این مسجد در خیابان قیام واقع شده است .مسجد ملااسماعیل در سال ۱۲۲۲ ق توسط یكی از علمای یزدی به نام آخوند ملااسماعیل عقدایی در عهد سلطنت فتحعلی شاه قاجار ساخته شد كه مشتمل برمسجد و مدرسه می باشد.
مسجد ملا اسماعیل دارای شبستان با سی دو ستون و گنبدی وسیع است كه قطر دهانه ان ۷۵/۱۵ متر می رسد و تقریبا با دهانه ی ایوان یكی است. سردر ورودی با شبستان بزرگ گنبد دار دو طنبی قرینه ستون دار است. ایوان بلند و گنبد دو پوشش آن با مقرنس كاری آجری كه تلفیق آجر با كاشی به صورت مقرنس زیبایی و با شكوه این بنا جلوه خاصی بخشیده است.
این مسجد از آجر و خشت خام با ملات گل و گچ ساخته شده و از تزئینات ظریف كاشیكاری به دور است ولی تزئینات سدرها بیشتر با آجر انجام شده و تنها شبكه های كاشیكاری غرفه ها و كتیبه دور گنبد كه مربوط به دوران متاخر می باشد. این مسجد به سبب ایوان وسیع و طنبی های ستون دار و شبستان غربی زمستانی كه دارای ۳۲عدد ستون با دهنه وسیع است و ایوان گنبد دار دقیقا۱۷.۷۵ متر است از همان زمان ساخت زبانزد عام و خاص بود. سردر بلند با مقرنس كاری آجری در مسجد دارای شكوه خاصی می باشد.
گنبد دوپوشه پیازی شكل حوض خانه وسیع ستون دار با درهای اُرسی نقش بندی شده و صفه های قرینه سازی شده صحن مسجد و غلام گردشی های آن زیبایی خاص به آن بخشیده است كه می توان آن را از شاهكارهای معماری ایران در سده ی سیزدهم هجری دانست.
سردر بلند یا مقرنس كاری آجری، گنبد دو پوسته ی پیازی شكل حوض خانه ی وسیع ستون دار با درهای اُرسی نقش بندی شده و صفه های قرینه سازی شده ی صحن مسجد و سنگ مكتوب در طرف چپ بالای سردر بزرگ ورودی ، با مطالبی به خط نستعلیق و سنگ لوحه های مختلف ، زیبایی خاصی به آن بخشیده كه می توان آن را تحولی در معماری ایران در دوره ی قاجار دانست.
جنب مسجد، مدفن یا بقعه بانی قرار گرفته كه در آن كتیبه ای بسیار زیبا به خط نسخ بر دیوار نقش بسته است. پس از پیروزی انقلاب اسلامی، این مسجد به عنوان میعادگاه نماز جمعه در نظر گرفته شد و فضای آن نیز گسترش یافت.
چهارمین شهید محراب، آیت الله صدوقی در سال ۱۳۶۱ در این مسجد به شهادت رسید.
