مسجد كبود گنبد در فاصله حدود ۲۰۰ متری شرق عمارت خورشید قرار دارد .مسجد كبود گنبد مسجدی چهار ایوانی است دارای گنبدی دو پوشه و نیلگون، صحن و طاق می‌باشد و ساقه گنبد استوانه‌ای شكل و فضای زیر گنبد یك هشت ضلعی منظم است و طول هر ضلع آن حدود ۴ متر می‌باشد. صحن مسجد مستطیل شكل با عرض ۱۹ متر و طول ۲۷ متر است. استفاده از كاشی هفت رنگ، مهم‌ترین عامل تزئین در بنای مسجد كبود گنبد شهرستان كلات نادربوده، كه با استفاده از نقوش اسلیمی و گل و بوته در لچكی‌های بالای ایوان و رواق‌ها به كار رفته‌است. كه به دلیل رنگ كاشی های گنبد آن، مسجد كبود نامیده شده است.این مسجد بنای مذهبی است كه مورد احترام و توجه اقوام مختلف در طول تاریخ شهرستان كلات نادر بوده‌است و به همین علت، كاملترین هنر هنرمندان در خدمت معماری و تزئین نقوش این بنا بكار رفته‌است. احتمالاٌ در این مكان ابتدا آرامگاهی متعلق به دوره ایلخانی وجود داشته كه ساختار مسجد در دوره های بعد از آن تبعیت كرده است. در حال حاضر مسجد كبود گنبد به منزله ی شبستانی در كنار ایوان شرقی مسجد قرار دارد و گنبد رفیع دو پوششه مسجد بر فراز شبستان خود نمایی می كند.مسجد كبود در دوره های مختلف گسترش یافته و ترمیم شده است. زیبایی این مسجد مرهون كاشی های رنگی است كه در تزیینات آن بكار رفته است. در مجاورت مسجد حمام كوچكی قرار دارد كه هنوز پابرجاست و قابلیت این را دارد كه به آن كاربری جدید داده شود.