كلیسای چوپان درغرب شهر مرزی جلفا، در ساحل رود ارس و در محدوده استان آذربایجان شرقی واقع است. این كلیسا كه در قرن ۱۶ میلادی ساخته شده و در سال ۱۸۳۶ میلادی بازسازی كلی گردیده است، طبق روایاتی محل عبادت چوپانان ارمنی ساكن روستاهای اطراف دره شام بوده است. پلان كلیسا از خارج مربعی شكل به ابعاد ۷.۷ در ۵.۷ متر و از داخل صلیبی شكل بوده و بطور كلی كلیسای كوچكی محسوب میگردد. ورودی اصلی در قسمت غربی بنا قرار داشته و محراب آن در سمت شرق بنا میباشد. مصالح بكار رفته در ساختمان آن سنگ و ملاط است و سطح دیوارهای داخلی با گچ پوشانده شده است. بنا فاقد هر گونه حجاری است . این كلیسا دارای گنبد كوچكی با پلان دایره شكل است كه بر روی آن چهار نورگیر در چهار جهت تعبیه شده است. در سمت غرب كلیسا آثار و بقایای بنای ویران شده ای موجود است كه احتمالا بخشی ازكلیسا را تشكیل داده است. در محوطه اطراف كلیسا سنگ صلیبهایی بوده است كه جهت حفظ آنها تعدادی به تبریز منتقل گردیده است. در تابستان سال ۱۳۸۵ میلادی قسمتهایی از كلیسا تخریب گردید كه در حال حاضر توسط سازمان میراث فرهنگی مرمت میگردد.