مسجد چهل ستون زنجان كه پس از مسجد جامع زنجان، دومین حوزه علمیه معتبر در شهر زنجان محسوب می‌شود، در بافت بازار بالا و در ضلع جنوب شرقی مسجد و مدرسه جامع (سید) در راسته حجت الاسلام واقع شده است. بنای این مسجد با سبك چهل ستونی احداث شده و نمای داخلی آن، گچ‌كاری شده است. محراب این مسجد با رسمی‌بندی و كاشی معقلی تزئین شده و كاشی كاری‌های بنا با طرح گل و بوته، متأثر از مكتب كاشی‌كاری دوره قاجار است. صحن و شبستان‌های مسجد چهل ستون، بیانگر دوران شكوفایی این بنا و توجه ویژه به امور معنوی در گذشته است. طاق‌های شبستان و صحن این مسجد به صورت متقارن و بر روی ۳۲ ستون قطور استوار گشته است. تعدد ستون‌ها موجب شده كه این بنای مذهبی و فرهنگی در میان مردم به مسجد و مدرسه چهل ستون شهرت یابد. طبق كتیبه‌ای كه بر روی پیشانی ورودی بنا الصاق شده این بنای مذهبی و تاریخی به سال ۱۲۸۴ هجری قمری ساخته شده است و در زمره ابنیه ارزشمند تاریخی و مذهبی زنجان به‌شمار می‌رود. روی بخشی از بدنه محراب، كتیبه‌ای به خط نسخ وجود دارد كه زمان مرمت مسجد یا تجدید بنای آن را در سال ۱۳۳۲ هجری قمری توسط امیر افشار خان و به اهتمام حاجی رجب‌علی زنجانی رقم خورده است.