این غار در ۲۵ كیلومتری شرق قائن و ۵ كیلومتری جنوب غرب روستای خونیك علیا قرار دارد. غار جوجه یكی از شگفت‌انگیزترین غارهای طبیعی قائن است كه از لحاظ باستان‌شناسی دارای اهمیت می‌باشد. این غار برخلاف اسم آن از بزرگ‌ترین غارهای شناسایی شده در استان خراسان جنوبی است كه انتهای آن بر اثر زلزله یا فرسایش سنگ‌ها به مرور بسته شده است. دهانه این غار در ارتفاع تقریبی ۸۰ متر از كف دره رو به شرق قرار دارد. ابعاد دهانه غار ۲×۴ متر است و ارتفاع داخل غار به ۴۰ متر نیز می‌رسد. داخل غار متشكل از یك تالار اصلی است و تشكیلات زیبای بلوری و گل كلمی بر سطح دیواره‌ها و سطح كف مشاهده می‌شود همچنین در قسمت‌هایی از غار تشكیلات زیبای استالاكتیت و استالاگمیتی دیده می‌شود. در داخل غار می‌توان آثار پراكنده سفال را مشاهده كرد. در ابتدای غار حوضی ساخته شده از مصالح سنگ و ساروج وجود دارد. نرسیده به غار جوجه از مسیر رودخانه، در سمت چپ یك كوه سنگی دهانه‌ای به نام كال زاغو دیده می‌شود كه دارای ۳/۵ متر عرض و ۳ متر ارتفاع است. برای پیمایش این غار نیاز به تجهیزات سنگوردی می‌باشد. این غار نیز به وسیله زلزله مسدود شده و تنها ۶۰۰ متر از مسیر قابل پیمایش است.