كویر بافق در فرو رفتگی مشرق یزد كه در واقع فرو رفتگی اصلی كویر یزد می باشد قرار گرفته است .رودخانه های اصلی این كویر به بخش جنوبی وارد شده و مخروط افكنه های حاشیه ای و معمولا سفید رنگ اطراف این كویر نشان دهنده شوری قابل توجه زمینهای اطراف این كویر می باشد . طول كویر بافق در حدود ۷۵ كیلومتر و عرض آن در حدود ۲۰ كیلومتر بوده و مساحت آن در حدود ۷۵۰ كیلومتر مربع می باشد . ۶۰% از آن را زمینهای رسی و ۴۰% از آن را نمكزار وسیعی پوشانده است .زمینهای رسی بخش جنوبی و شمال غربی این كویر را پوشانده اند . رودخانه های جنوبی باعث تراكم زیاد گیاهان شور زیست در قسمت جنوبی این كویر شده اند , در حالی كه در قسمتهای شمالی و یا نزدیك سطح نمكزار به علت افزایش شوری زمین گیاهی مشاهده نمی شود .
نمكزاری در قسمت شمالی كویر قرار گرفته كه تقریبا تمام عرض كویر را از شرق به غرب قطع می كند . سطح این نمكزار را لكه های متحد المركزی همراه با حوزه های كوچك باتلاقی می پوشاند كه در بعضی نقاط به وسیله نمك تازه پوشیده شده است . با توجه به اینكه لبه های این قشر نمكی بطور موضعی شكسته و یا اینكه به طرف بالا برگشته , می توان تصور نمود كه نمكزار فعلی بر روی سطح آب فوق العاده كم عمقی شناور بوده و یا بر روی لجن اشباع شده ای بستر گرفته است . به دلیل وجود رطوبت در زیر قشر نمكی , رانندگی بر روی این كویر بشدت خطرناك و در بعضی قسمتها غیر ممكن است .
راه های ورود به منطقه :
مسیر یزد به بافق از قسمت جنوبی این كویر عبور می كند
مسیر دیگر مسیر آسفالته بافق به حسن آباد است كه پس از حسن آباد مسیر خاكی می شود و به خرانق منتهی می گردد . این مسیر از حاشیه شرقی كویر عبور می كند.
